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基于网络拓扑的生物网络关键节点识别研究进展
引用本文:黄海滨,杨路明,王建新,陈建二,李绍华,杜秀英.基于网络拓扑的生物网络关键节点识别研究进展[J].数学的实践与认识,2011,41(7).
作者姓名:黄海滨  杨路明  王建新  陈建二  李绍华  杜秀英
作者单位:1. 玉林师范学院,数学与计算机科学系,广西,玉林,537000
2. 中南大学,信息科学与工程学院湖南长沙,410083
3. 中南大学,信息科学与工程学院湖南长沙,410083;德克萨斯大学A&M计算机科学学院,美国,德克萨斯州,77843-3112
4. 中南大学,信息科学与工程学院湖南长沙,410083;广东商学院计算机科学与技术学院,广东,广州,510320
5. 玉林师范学院,图书馆,广西,玉林,537000
基金项目:国家自然科学基金,广西教育厅科研项目
摘    要:与生物实验方法相比,基于网络拓扑的生物信息学方法在关键节点识别上有独特优势.基于网络拓扑的关键节点识别主要依赖节点在生物网络中的拓扑特性,通过观察节点网络拓扑参数的大小、所处的路径或模块的结构及其动力特性,在一定程度上可以对其关键性进行推断.从节点的中心性测度、网络的拓扑参数及层次结构等几方面总结了生物网络及其节点的主要拓扑特征;比较了蛋白质网络、代谢网络及基因调控网络关键节点识别的主要方法;分析了节点拓扑参数计算、路径求解及模块的划分及识别算法;指出生物网络关键节点识别上存在识别率不高、不同研究结论的不一致甚至相互矛盾、现有算法对网络规模日益增长的不适应等问题,并提出解决问题的思路及进一步研究的方向.

关 键 词:网络拓扑  生物信息  关键节点  识别  复杂网络

Identification of Essential Nodes Based on Topology of a Bionetwork
HUANG Hai-bin,YANG Lu-ming,WANG Jian-xin,CHEN Jian-er,LI Shao-hua,DU Xiu-ying.Identification of Essential Nodes Based on Topology of a Bionetwork[J].Mathematics in Practice and Theory,2011,41(7).
Authors:HUANG Hai-bin  YANG Lu-ming  WANG Jian-xin  CHEN Jian-er  LI Shao-hua  DU Xiu-ying
Institution:HUANG Hai-bin~1,YANG Lu-ming~2,WANG Jian-xin~2,CHEN Jian-er~(2,3),LI Shao-hua~(2,4),DU Xiu-ying~2 (1.Department of Mathematics and Computer Science,Yulin Normal College,YuLin 537000,China) (2.School of Information Science and Engineering,Cental south University,Changsha 410083,China) (3.Department of computer Science,Texas A & M University,College Station,Texas 77843-3112,USA) (4.Department of Computer Science and Technology,Guangdong Commercial College,Guangzhou 510320,China) (5.Library,Yulin Normal Coll...
Abstract:The essentiality of a node is correlated with its topological properties in a bionetwork. Comparing with other methods such as biological experiments,bioinformatics methods based on topology possess particular advantage in the identification of essential nodes.By investigation the topological parameters and the position in a bionetwork,the essentiality of a node can be predicted.This paper summarizes important characteristics both from bionetworks and their nodes,analyzes main techniques and algorithms rela...
Keywords:network topology  bio information  essential nodes  identification  complex networks  
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录!
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