| SH3结构域序列集的统计耦联分析 |
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| 引用本文： | 徐海松,李晓琴,曾毅.SH3结构域序列集的统计耦联分析[J].物理化学学报,2011,27(10):2447-2456. |
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| 作者姓名： | 徐海松 李晓琴 曾毅 |
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| 作者单位： | School of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, P. R. China |
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| 摘 要： | 基于蛋白质可折叠性和热稳定性具有长程相关性(即耦联性)的事实,使用改进的统计耦联方法分析了SH3结构域序列集中存在的耦联性信息.结果表明统计耦联方法采用的保守性计能量可以较好地评估SH3结构域序列集的位点保守性,具有高平均耦联能量的位点可以基本上对应一些结构或功能上具有重要意义的位点,对统计耦联数据的一些位点扰动个案分析揭示出SH3结构中包含非紧邻扰动和紧邻扰动模式.统计耦联方法结合聚类重排可以对SH3折叠型序列群体中结构核心与非结构核心的位点进行区分,甚至可以区分其中几个功能相关位点的细节差异.SH3结构域中包含了一系列的扰动模式,不同的扰动模式涉及不同的位点组合;各种扰动模式通过一些共有的扰动位点和扰动响应位点相互影响,并最终决定结构中各位点的耦联响应模式.这些耦联信息对于理解蛋白质的序列与结构和功能的关系,以及设计新的蛋白序列有潜在价值.
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| 关 键 词： | 蛋白质功能 蛋白质稳定性 扰动模式 耦联响应模式 残基共进化 |
| 收稿时间： | 2011-04-19 |
| 修稿时间： | 2011-08-17 |
Statistical Coupling Analysis of a SH3 Domain Sequence Set |
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| XU Hai-Song,LI Xiao-Qin,ZENG Yi.Statistical Coupling Analysis of a SH3 Domain Sequence Set[J].Acta Physico-Chimica Sinica,2011,27(10):2447-2456. |
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| Authors: | XU Hai-Song LI Xiao-Qin ZENG Yi |
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| Institution: | School of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, P. R. China |
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| Abstract: | Given the long range correlation characteristics of information about protein foldability and thermostability the multiple sequence alignment of a SH3 domain was analyzed using the modified statistical coupling analysis(SCA) method.Results show that the statistically conserved energy from the SCA method could be used to evaluate the site conservation of the SH3 sequence set properly.Sites with a high average coupling energy correspond to structurally and functionally important positions.Perturbing analysis ... |
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| Keywords: | Protein function Protein stability Perturbing mode Coupling responding mode Residue coevolution |
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