| 脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究 |
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| 引用本文： | 熊开欣,席昆,鲍磊,张忠良,谭志杰.脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究[J].物理学报,2018,67(10):108701-108701. |
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| 作者姓名： | 熊开欣 席昆 鲍磊 张忠良 谭志杰 |
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| 作者单位： | 武汉大学物理科学与技术学院, 武汉 430072 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（批准号：11575128，11774272，11647312）资助的课题. |
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| 摘 要： | 脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.
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| 关 键 词： | 脱氧核糖核酸 柔性 分子动力学模拟 力场 |
| 收稿时间： | 2018-02-12 |
Molecular dynamics simulations on DNA flexibility: a comparative study of Amber bsc1 and bsc0 force fields |
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| Xiong Kai-Xin,Xi Kun,Bao Lei,Zhang Zhong-Liang,Tan Zhi-Jie.Molecular dynamics simulations on DNA flexibility: a comparative study of Amber bsc1 and bsc0 force fields[J].Acta Physica Sinica,2018,67(10):108701-108701. |
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| Authors: | Xiong Kai-Xin Xi Kun Bao Lei Zhang Zhong-Liang Tan Zhi-Jie |
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| Institution: | School of Physics and Technology, Wuhan University, Wuhan 430072, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | DNA flexibility all-atom molecular dynamics force field |
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