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| 发展尿素与丙氨酸二肽相互作用的ABEEM/MM可极化力场 | |
| 作者姓名： | 胡端羽 刘林林 宫利东 杨忠志 |
| 作者单位： | 辽宁师范大学化学化工学院 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(22377048)； |
| 摘 要： | 基于ABEEM/MM浮动电荷模型，尝试建立了一个新的可合理描述尿素-丙氨酸二肽-水分子之间相互作用的可极化力场.采用量子力学(QM)ωB97X-D/6-311++G(3df, 2p)//MP2/aug-cc-pVTZ方法对(Urea)(Ala)2的结构、电荷分布及结合能进行计算，以及HF/STO-3G方法计算电荷分布.构建尿素-丙氨酸二肽-水体系的ABEEM/MM势能函数，基于QM计算结果，优选确定相关参数.结果表明，与QM相比，ABEEM/MM获得的(Urea)(Ala)2的键长、键角、二面角和结合能的AAD(平均绝对偏差),RMSD(均方根偏差)和RRMSD(相对均方根偏差)分别为0.000 8 nm, 0.001 4 nm, 1.2%;1.36°,1.72°,1.5%;4.10°,5.56°,5.0%;6.07 kJ·mol-1,6.82 kJ·mol-1和10.2%,电荷分布的线性相关系数为0.988.将上述势能函数应用于(Ala)2(Urea)2... |
| 关 键 词： | ABEEM/MM 丙氨酸二肽 尿素 水 蛋白质变性 |