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| 分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制 | |
| 引用本文： | 陈建中,梁志强,张庆刚,刘晓阳,王伟,刘进庆.分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制[J].原子与分子物理学报,2012,29(6):953-959. |
| 作者姓名： | 陈建中 梁志强 张庆刚 刘晓阳 王伟 刘进庆 |
| 作者单位： | 1. 山东交通学院理学院,济南,250023 2. 山东师范大学物理与电子科学学院,济南,250014 3. 济南职业学院电子工程系,济南,250014 |
| 摘 要： | p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pD16W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pD16W的5个残基Phe19′,Trp22′,Trp23′,Leu26′和Thr27′能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-πc相互作用驱动了pD16W在MDM2疏水裂缝中的结合.这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导. |
| 关 键 词： | 分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 MDM2 相关矩阵 |
Insight into Interaction Mechamism of the inhibitor pDI6W with MDM2 Based on Molecular Dynamics |
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| CHEN Jian-Zhong , LIANG Zhi-Qiang , ZHANG Qing-Gang , LIU Xiao-Yang , WANG Wei , LIU Jin-Qing.Insight into Interaction Mechamism of the inhibitor pDI6W with MDM2 Based on Molecular Dynamics[J].Journal of Atomic and Molecular Physics,2012,29(6):953-959. | |
| Authors: | CHEN Jian-Zhong LIANG Zhi-Qiang ZHANG Qing-Gang LIU Xiao-Yang WANG Wei LIU Jin-Qing |
| Institution: | 1 (1.School of Science,Shandong Jiaotong University,Jinan 250023,China; 2.College of Physics and Electronics,Shandong Normal University,Jinan 250014,China; 3.Department of Electronics and Engineering,Jinan Vocational College,Jinan 250014,China) |
| Abstract: | |
| Keywords: | Molecular dynamics simulation cross-correlation matrix p53-MDM2 interaction binding free energy MM-PBSA |
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