| HIV-1整合酶与抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟 |
| |
| 作者姓名： | 朱海梅 陈慰祖 王存新 |
| |
| 作者单位： | 北京工业大学生命科学与生物工程学院, 北京, 100022 |
| |
| 基金项目： | 北京市自然科学基金 (Nos .5 0 32 0 0 2,5 0 4 2 0 0 3),国家自然科学基金 (Nos .30 170 2 30,10 174 0 0 5 )资助项目 |
| |
| 摘 要： | 用分子对接程序(Autodock)将含有一个Mg2+的HIV-1整合酶核心区(以下简称IN-A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接,预测其未知的复合物结构,然后用分子动力学(MD)方法对IN-A与Aurin的对接结果进行了950 ps的模拟.MD模拟结果发现,IN-A与Aurin形成了两个稳定的氢键,Mg2+也与Aurin上的氧原子形成了稳定的配键,IN-A与Aurin之间的静电相互作用能和范德华相互作用能的平均值分别为-205.8和-162.7 kJ/mol.根据MD模拟得到的IN-A与Aurin相互作用后的构象变化信息,我们对对接复合物结构进行了修正,给出了更加合理和稳定的复合物预测结构.本工作得到的HIV-1整合酶与抑制剂Aurin的结合模式信息将有助于设计和改造出效果更好的抗HIV-1整合酶的先导化合物.
|
| 关 键 词： | HIV-1整合酶 金精三羧酸 分子对接 分子动力学 |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《化学学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《化学学报》下载全文 |
|
