| 基于VHSE结构表征的TAP亲和活性预测及选择特异性分析 |
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| 引用本文： | 潘显超,梅虎,谢江安,吕娟,王青,张亚兰,谭文.基于VHSE结构表征的TAP亲和活性预测及选择特异性分析[J].高等学校化学学报,2012,33(11):2556-2562. |
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| 作者姓名： | 潘显超 梅虎 谢江安 吕娟 王青 张亚兰 谭文 |
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| 作者单位： | 重庆大学生物流变科学与技术教育部重点实验室;重庆大学生物工程学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:61073135);重庆市自然科学基金重点项目(批准号:2009BA5068);中央高校基本科研业务费专项基金(批准号:CDJXS11230013)资助 |
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| 摘 要： | 应用氨基酸描述子VHSE(Principal component score vector of hydrophobic, steric, and electronic properties)对613个抗原9肽进行结构表征, 在此基础上, 采用支持向量机结合逐步回归变量筛选方法, 成功建立了抗原肽抗原处理相关转运蛋白(Transporter associated with antigen processing, TAP)亲和活性预测模型, 最优线性支持向量机模型的R2, Q2和R2ext分别为0.7386, 0.7270和0.6057. 模型结果分析表明, 影响TAP亲和活性的首要因素是电性, 其次是立体和疏水性质; 底物9肽的P1(N端)及P2, P7和P9(C端)位氨基酸物化性质对TAP亲和活性有重要影响, 而P3, P4, P5和P6位对模型贡献相对较小, P8位则与活性无关. 依据最优模型对模拟点突变9肽的TAP亲和活性的预测结果, 并结合变量载荷分析, 对TAP底物选择特异性进行了分析和总结.
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| 关 键 词： | 抗原处理相关转运蛋白 抗原肽 氨基酸描述子VHSE 支持向量机 活性 选择特异性 |
| 收稿时间： | 2012-01-12 |
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