| 基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf II型抑制剂活性 |
| |
| 引用本文： | 刘海春,卢帅,冉挺,张艳敏,徐金星,熊潇,徐安阳,陆涛,陈亚东. 基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf II型抑制剂活性[J]. 物理化学学报, 2015, 31(11): 2191-2206. DOI: 10.3866/PKU.WHXB201510134 |
| |
| 作者姓名： | 刘海春 卢帅 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 |
| |
| 作者单位： | 1 中国药科大学理学院,南京2111982 中国药科大学,天然药物活性组分与药效国家重点实验室,南京210009 |
| |
| 基金项目： | the National Natural Science Foundation of China(21102181);the National Natural Science Foundation of China(81302634) |
| |
| 摘 要： | ![]()
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、LigandFit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型. QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1: r2 = 0.852, r(CV)2 = 0.790, rpre2 = 0.864;模型M2: r2 = 0.738, r(CV)2 = 0.812, rpre2 = 0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score, -ECD, Dock_Score, PMF)与能量描述符(S(hb_ext), DE(int), Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导.
|
| 关 键 词： | B-Raf II型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量构效关系模型 |
| 收稿时间： | 2015-07-09 |
Accurate Activity Predictions of B-Raf Type II Inhibitors via Molecular Docking and QSAR Methods |
| |
| Hai-Chun. LIU,Shuai. LU,Ting. RAN,Yan-Min. ZHANG,Jin-Xing. XU,Xiao. XIONG,An-Yang. XU,Tao. LU,Ya-Dong. CHEN. Accurate Activity Predictions of B-Raf Type II Inhibitors via Molecular Docking and QSAR Methods[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2015, 31(11): 2191-2206. DOI: 10.3866/PKU.WHXB201510134 |
| |
| Authors: | Hai-Chun. LIU Shuai. LU Ting. RAN Yan-Min. ZHANG Jin-Xing. XU Xiao. XIONG An-Yang. XU Tao. LU Ya-Dong. CHEN |
| |
| Affiliation: | 1. School of Basic Science, China Pharmaceutical University, Nanjing 211198, P. R. China;2. State Key Laboratory of Natural Medcines, China Pharmaceutical University, Nanjing 210009, P. R. China |
| |
| Abstract: | ![]()
|
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《物理化学学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《物理化学学报》下载全文 |
|
