| 用于真实蛋白质结构预测的一种新的优化方法 |
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| 引用本文： | 卢本卓,王存新,王宝翰.用于真实蛋白质结构预测的一种新的优化方法[J].化学物理学报,2003,16(2):117-121. |
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| 作者姓名： | 卢本卓 王存新 王宝翰 |
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| 作者单位： | 中国科学技术大学天文与应用物理系 合肥230026
(卢本卓)，北京工业大学生命科学与生物工程学院 北京100022
(王存新)，中国科学院生物物理研究所 北京100101(王宝翰) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目 (10 174 0 0 5、30 170 2 30和 2 9992 5 90 2 ) |
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| 摘 要： | 用“相对熵”作为优化函数 ,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法 .使用了非格点模型 ,预测只关心蛋白质主链的走向 .其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα 原子间的距离信息以及 2 0种氨基酸的接触势的一个扩展形式 .对几个真实蛋白质做了算法测试 ,预测的初始结构都为比较大的去折叠态 ,预测构象相对于它们天然结构的均方根偏差 (RMSD)为 5～ 7 .从原理上讲 ,该方法是对能量优化的改进 .
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| 关 键 词： | 蛋白质折叠预测 相对熵 优化方法 非格点模型 |
| 收稿时间： | 2002/5/30 0:00:00 |
A New Minimization Method for Real Protein Folding Prediction |
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| Lu Benzhuo,Wang Cunxin and Wang Baohan.A New Minimization Method for Real Protein Folding Prediction[J].Chinese Journal of Chemical Physics,2003,16(2):117-121. |
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| Authors: | Lu Benzhuo Wang Cunxin and Wang Baohan |
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| Institution: | Lu Benzhuo a,Wang Cunxin b**,Wang Baohan c |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Protein folding prediction Relative entropy Minimization method Off lattice model |
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