电子圆二色光谱图的模拟与软件开发 |
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引用本文: | 许范,苏俊奎,文燕,甘礼社.电子圆二色光谱图的模拟与软件开发[J].光谱学与光谱分析,2024(2):434-438. |
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作者姓名: | 许范 苏俊奎 文燕 甘礼社 |
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作者单位: | 1. 浙江大学药学院现代中药研究所;2. 五邑大学生物科技与大健康学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(22077111,81872756)资助; |
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摘 要: | 有机小分子化合物,尤其是天然产物具有复杂和多样的结构,且一般含有多个手性中心,确定其绝对构型一直是结构鉴定的难点之一。电子圆二色光谱(ECD)具有样品无损、曲线简洁等优势,是鉴定绝对构型的强有力的手段之一。利用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TDDFT)等量子化学理论以及计算机技术,对化合物的理论ECD计算模拟,与实验值对比确定绝对构型是目前主流技术。计算模拟流程如下:首先确定化合物的相对构型,其次运用构象搜索软件对化合物进行构象分析,然后对搜索得到的多个最低能量态构象(如能量阈值在2.0 kcal·mol-1以内)进行几何优化和振动分析,将已经优化完成的优势构象投入ECD计算,计算ECD相关参数,得到电子激发能(eV)和转子强度(10-40 erg-esu-cm)等数据,最终根据数据进行多构象谱图拟合。该研究主要对ECD曲线的模拟方法、 ECD计算结果的评价标准进行了全面总结。在此基础上,运用Python语言开发了一款自动化处理高斯ECD计算结果、模拟ECD曲线的软件,该软件能够对计算得到的输出文件进行定位,对于化合物几何优化和振...
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关 键 词: | 天然产物 电子圆二色光谱(ECD) 曲线模拟 Python语言 |
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