| SARS病毒蛋白水解酶的三维结构模建及可能的小肽抑制剂研究 |
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| 引用本文： | 高雪峰,赵熹,黄旭日,孙家锺.SARS病毒蛋白水解酶的三维结构模建及可能的小肽抑制剂研究[J].高等学校化学学报,2003,24(12):2279-2281. |
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| 作者姓名： | 高雪峰 赵熹 黄旭日 孙家锺 |
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| 作者单位： | 吉林大学理论化学研究所, 理论化学计算国家重点实验室, 长春 130023 |
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| 基金项目： | 教育部骨干教师基金，吉林省杰出青年基金资助 |
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| 摘 要： | SARS病毒作为一种正链病毒 (Positive stranded RNA virus) ,其传播复制起重要作用的是其内部的 E蛋白、S蛋白、M蛋白、N蛋白、RNA聚合蛋白和蛋白水解酶 (Proteinase)等 6种蛋白质 .其中蛋白水解酶与 SARS病毒的复制密切相关 ,是抗 SARS病毒药物筛选的理想靶点 ,而它的三级结构则是研究病毒机理和进行药物设计的基础 .我们采用生物信息学的方法 ,利用 NCBI和 EBI提供在线蛋白质序列相似搜索工具 Blast和 FASTA3 ,找到同源性为 43 .791 %的 1 L VO(PDB编号 ) 1] ,并在 SiliconGranphics工作站上利用 Insight 的 Homology…
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| 关 键 词： | 同源模建 生物信息学 活性中心 水解酶 抑制剂 对接 |
| 文章编号： | 0251-0790(2003)12-2279-03 |
| 收稿时间： | 2003-08-21 |
3D Modeling of SARS Virus Proteinase and Study of Imaginable Peptide Inhibitor |
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| GAO Xue-Feng,ZHAO Xi,HUANG Xu-Ri ,SUN Chia-Chung.3D Modeling of SARS Virus Proteinase and Study of Imaginable Peptide Inhibitor[J].Chemical Research In Chinese Universities,2003,24(12):2279-2281. |
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| Authors: | GAO Xue-Feng ZHAO Xi HUANG Xu-Ri SUN Chia-Chung |
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| Institution: | State Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, Institute of Theoretical Chemistry, Jilin University, Changchun 130023, China |
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| Abstract: | SARS is a positive-stranded virus featuring the largest viral RNA genomes today. The viral main proteinase(Hydrolase), controlling the activities of SARS virus replication, is an attractive target for therapy. We determined crystal structure for transmissible gastroenteritis virus(TGEV) hydrolase, and constructed a homology model for SARS coronavirus proteinase on Silicon Graphics station by Insight Ⅱ molecule simulation software. The structure may reveal remarkable degree of conservation of the substrate binding sites. We design an imaginable peptide precursor for inhibitor, and the base shape of pocket and property of the residues may be used as a basis for designing anti-SARS drugs. |
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| Keywords: | Homology modeling Bioinformatics Binding-site Hydrolase Inhibitor Dock |
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