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| 一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数 | |
| 作者姓名： | 章威 侯廷军 乔学斌 徐筱杰 |
| 作者单位： | College of Chemistry and Molecules Engineering, Peking University, Beijing 100871 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金重大项目(29992590-2)资助~~ |
| 摘 要： | 提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合. |
| 关 键 词： | 水合自由能 溶剂效应 普适波恩(GB)模型 泊松-玻尔兹曼(PB)方程 |
| 收稿时间： | 2003-01-23 |
| 修稿时间： | 2003-01-23 |
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