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1.
为了探究丝氨酸蛋白酶催化效率的来源,本文分别研究了丝氨酸酶催化水解多肽CI2、MCTI-A和六肽(SUB)的过程中催化三元组内的氢键所起的作用. 首先采用QM/MM-MD方法计算了在酶-底物复合物和过渡态下组氨酸和天冬氨酸之间质子转移的自由能曲线. 结果表明低能垒氢键仅在CI2酰化反应的过渡态区域形成,而在MCTI-A和SUB酰化反应中均是正常氢键. 与MCTI-A相比,CI2和SUB体系中氢键强度在过渡态时显著增强,因此相应的酰化反应能垒明显降低. 过渡态区域形成的低能垒氢键显然有助于加速酰化反应,同时研究也表明正常氢键也有可能降低能垒. 氢键降低能垒的关键则在于过渡态下氢键强度的增加程度,而不是其是否生成了低能垒氢键. 本文为研究催化三元组间的氢键在丝氨酸蛋白酶中的作用提供了新思路,并有助于理解丝氨酸蛋白酶中催化三元组的催化机制. 相似文献
2.
本文运用非含时量子动力学方法研究了H+HF(v=1,j)→H+HF(v'=0,j')传能过程在295~500 K的振动弛豫速率常数.在此温度范围内,所有转动分辨的振动弛豫速率常数随着温度升高而单调递增,速率常数最大的末态转动量子数随着初态转动量子数的增加而增加.在室温下,振动态分辨的振动弛豫速率常数与实验值符合较好.同时,我们也计算了H+HF(v=1,j)→H+HF(v'=1,j')纯转动传能过程在500 K的速率常数,发现它们整体上比振动弛豫速率常数大了几个数量级,并且△j=-1的速率常数一般大于△j=-1的速率常数. 相似文献
3.
Si2Br6的分子振动光谱的理论研究 总被引:1,自引:1,他引:0
用量化从头算方法(HF/6-31G)和密度泛函方法(B3LYP/6-31G)以6-31G标准基组加一个极化函数,对Si2Br6分子的平衡几何构型和振动频率分别进行优化和计算,优化的结果与实验结果吻合得较好。按照Pulay的建议对HF/6-31GI水平上所计算的谐性力场进行标度(标度因子取0.9)。用HF/6-31G SQM力场所计算的基频预测值和实验值的平均误差为9.4cm^-1,最大误差为23.6cm^-1;用B3LYP/6-31G未标度力场所计算的基频预测值和实验值的平均误差为8.6cm^-1,最大误差为16.6cm^-1;用该密度泛函方法所计算的基频预测值比用HF/6-31G的标度后的SQM力场所计算的基频预测值和实验值(除Si-Si键扭转振动基频之外的11条振动基频)吻合得更好。HF/6-31G和B3LYP/6-31G计算给出Si-Si键扭转振动基频的预测值分别为14cm^-1和9cm^-1。 相似文献
4.
SO2基态势能面和振转能级的理论研究 总被引:1,自引:0,他引:1
在键长-键角坐标下,精确求解SO2的核振动力方程,并通过与实验数据比较来优化势能参数,由所得势能面计算得到38个振动能级,与实验值相比,均方根误差为0.93cm^-1,计算了^34SO2的部分振动能级以及^32SO2的J=6以下的部分振动能级,所得结果均与实验值较为吻合。 相似文献
5.
采用密度泛函理论和MP2方法研究了3-甲基环状乙撑磷酸二酯(MEP)与甲醇的反应途径:(Ⅰ)CH3O-+MEP;(Ⅱ)CH3OH+MEP;(Ⅲ)CH3O-+HMEP(MEP的质子化形式);(Ⅳ)CH3OH+HMEP.在B3LYP/6-31++G(d,p)水平上优化了四条反应途径的反应物、中间体、过渡态及产物的几何构型,并在同水平上进行了自然电荷分析,然后在MP2/6-311++G(3df,2p)水平上计算了各驻点的单点能.采用极化连续介质模型(PCM)研究了各途径在苯、甲醇和水溶液中的溶剂化效应.计算结果表明,溶剂效应使途径(Ⅰ)的自由能垒降低,而使途径(Ⅱ)和(Ⅳ)的决速步骤的自由能垒升高.在气相和苯溶剂中途径(Ⅳ)是反应的优势途径,在甲醇和水溶剂中途径(Ⅰ)则成为最优.研究结果进一步表明实验条件下途径(Ⅱ)与(Ⅳ)对总醇解反应的贡献相当. 相似文献
6.
采用密度泛函理论B3LYP/6-31G(d,p)方法研究了2-(2-甲基丙烯基)-3-(3-甲基-1,2-丁二烯基)环己-2-烯酮重排生成八元环化合物在气相中的反应机理. 考虑了两条可能的反应途径: 途径1包含5个过程, 途径2包含两个过程. 从能量上看, 两条途径的决定速度步均是[1,5]氢迁移. 采用自洽反应场极化连续模型(PCM模型)和极化导体模型(CPCM模型)研究了反应体系在甲苯溶液中的溶剂效应. 结果表明, 气相和溶液中途径2均是较优途径, 并且甲苯对该反应的溶剂化效应不明显. 理论研究结果与实验观察结果一致, 并很好地解释了有关实验现象. 相似文献
7.
给出了求解原子-分子散射理论中耦合孔道方程组的一种混合方法,该法在强相互作用区域为Johnson的LOGD算法,在其余区域用参照势能具有V=-(A~2/16)+Be~(-AR)形式的势能追踪方法,并以Lester-Bernstein的刚性转子问题为例进行了验证。 相似文献
8.
A 285-pomt multi-reference configuration-interaction involving single and double excitations ( MRS DCI) potential energy surface for the electronic ground state of L12H is determined by using 6-311G (2df,2pd)basis set.A Simons-Parr-Finlan polynomial expansion is used to fit the discrete surface with a x2 of 4.64×106 The equn librium geometry occurs at Rc=0.172 nm and,LiHL1=94.10°.The dissociation energy for reaction I2H(2A)→L12(1∑g)+H(2S) is 243.910 kJ/mol,and that for reaction L12H(2A')→HL1(1∑) + L1(2S) is 106.445 kl/mol The inversion barrier height is 50.388 kj/mol.The vibrational energy levels are calculated using the discrete variable representation (DVR) method. 相似文献
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10.
采用内收缩的多参考组态相互作用并加Davidson修正的icMRCI+Q方法和大基组分别构建了稀有气体化合物HXeCl和HXeF分子的基态三维势能面, 研究了它们的稳定性和解离能垒. 研究表明, 三体离解通道是HXeCl分子的主要离解通道; 而对于HXeF分子, 两种离解反应可能同时发生并存在竞争关系. 此外采用Lanczos算法计算了HXeCl和HXeF分子的振动能级. 计算的H—Xe伸缩振动基频在考虑Xe基质效应的校正后为1666.6 cm-1, 仅高于实验值17.6 cm-1, 较好地解释了HXeCl分子的实验结果. 相似文献