IL-18与IL-18R分子对接计算发展模拟蛋白质互作研究方法

研究蛋白质互作的化学生物学方法主要有荧光共振能量转移(Fluorescence resonance energy transfer, FRET)、酵母双杂交(Yeast two-hybrid technology, YTH)、免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation, Co-IP)等。在此基础上,为了发展一种新的研究生物大分子互作,特别是膜蛋白相互作用的定量计算方法,依据前期研究发现,应用ELISA方法与QAH-NEU-1定量芯片技术检测NLRP2:ShRNAs慢病毒(Lentivirus)感染人脑微血管内皮细胞(Human brain microvascular endothelial cells, HBMEC), 敲除(Knocking down)NLRP2基因后的IL-18的分泌量与对照组比较, 显著提高(IL-18: 998 pg/mL),表明它在炎症免疫中起关键调控作用。本文采用高性能的Discovery Studio 2021(DS2018R2)大分子计算模拟软件,在RCSB PDB数据库中调用蛋白质文件建立其立体结构,应用ZDOCK程序算法探究IL-18亚基(AB亚基或B亚基)与IL-18R互作的空间结构与构象变化,计算找到了相互作用界面的氨基酸的一级序列与二级结构,以及它们之间的相互作用力,并用拉氏图评估对接构象,研究发现B亚基在IL-18与IL-18R的结合中起主要作用。该计算方法与实验方法比较,可快速找到蛋白-蛋白相互作用的构象空间,优化膜蛋白互作的精度;能从原子与量子水平探究细胞因子与膜蛋白受体的互作;更深入解析分子机理,数据精确定量。研究结果表明本文应用ZDOCK算法建立了通过计算模拟膜蛋白生物大分子互作的新领域,为细胞因子与化学因子的多肽类药物开发提供新的思路; 为细菌病毒感染/肿瘤疾病的防治提供科学理论依据; 在分子识别,神经元网络深度学习,生物信息处理领域具有广泛的应用。     

静态顶空气相色谱法测定有机残留溶剂二甲基亚砜

建立了高灵敏度、高精确度的静态顶空气相色谱结合氢火焰离子化检测器测定药物辅料中二甲基亚砜残留溶剂的方法.以液体石蜡为溶解溶剂,优化了顶空瓶的液相体积,并对顶空气相色谱的关键实验参数:自动进样时间、顶空加压时间、顶空平衡温度、顶空平衡时间及气相柱温箱升温程序等进行了优化.在最优条件下,确定了方法的检出限和定量限分别为1....     

声波刺激对铁皮石斛过氧化物酶同工酶基因表达的影响

从基因表达水平探索了植物适应物理应力刺激时可能作出的反应机制。以铁皮石斛组培苗为实验材料,以特定的声波(声强100dB、频率1000Hz)刺激为应力源,检测比较了声波刺激对铁皮石斛过氧化物酶(POD)同工酶酶谱及各酶带百分含量的影响;通过设计引物扩增出铁皮石斛POD基因片段,以此为探针,利用Northern点杂交技术检测分析了声波刺激对铁皮石斛POD基因表达的影响。结果显示,声波刺激没有引起铁皮石斛产生新的酶带,但促进了其POD同工酶酶量的提高;声波刺激对铁皮石斛POD基因表达的影响与其同工酶酶谱及其总RNA量的变化基本一致。表明声波刺激对植物POD同工酶基因表达有激活作用,可能引起植物某些基因转录和表达水平的变化。     

Maps强力黏附单元DOPA二联体与HClO反应的理论研究

应用量子化学从头算HF/3-21G方法,在全局优化中确定贻贝黏附蛋白的强力粘附单元DOPA二联体的几何构型、各原子电荷分布及热力学参数.计算表明:DOPA二联体易与HClO发生亲电取代反应生成2-氯-4-酮-5羟基-苯丙氨酸,破坏了贻贝内超强黏附单元DOPA二联体的结构,降低粘附蛋白内粘性;热力学性质的ΔH放热为88.712 kJ/mol,吉布斯自由能变ΔG恒小于0,较易自发正向进行.     

式根岛海绵活性物质及功能宏基因组学的应用

式根岛海绵及其高度复杂的共生体系是生物活性物质的丰富重要来源,产生以calyculins为主要成分的毒性物质.活性物质含量低,使得直接从海绵分离大量活性物质不可取.海绵共生菌是活性物质的主要生产者,但是大部分的共生菌是不可培养的,使得单纯的分离培养不能发挥很好的作用.功能宏基因组学避开了培养的瓶颈,可以获取独特的活性物质及其功能基因.对式根岛海绵2013年2月以前分离出的活性物质作一综述,并对非培养依赖型的功能宏基因组学,在蕴含大量不可培养微生物的式根岛海绵中的应用进行综述.探讨功能宏基因组在研究开发式根岛海绵及其他海绵的活性物质及有趣功能基因中的应用潜能,为研究国内海绵的丰富活性物质和有趣的基因提供一种思路和方法.     

DOPA醌在Cu（100）表面吸附的密度泛函理论研究

采用广义梯度密度泛函理论(GGA)的BLYP方法结合周期性平板模型,以原子簇Cu41为模拟表面,对DOPA醌分子在Cu(100)表面不同位置的吸附模型进行了构型优化、能量计算以及Mulliken布居分析,结果表明通过相邻的羰基垂直吸附在表面的桥位是其最佳吸附方式,吸附能为247.2310kJ/mol;其次为顶位、顶位R45和穴位,吸附能分别为227.7162kJ/mol、220.7305kJ/mol和217.8456kJ/mol。Mulliken布居分析结果表明整个吸附体系发生了由Cu原子向DOPA醌分子的电荷转移。     

水蒸汽蒸馏法及顶空-固相微萃取法提取青蒿花挥发性成分比较分析

采用水蒸汽蒸馏法(HD)及顶空固相微萃取法(HS-SPME)提取青蒿花的挥发性成分,GC-MS法分析其化学组成.已鉴定化合物占挥发性成分的95.01%(HD)和89.55%(HS-SPME).其中1.8-桉叶素(21.32%,20.96%),樟脑(24.34%,19.18%),莰烯(3.04%,5.26%),侧柏烯(3...