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1.
CYP2C9酶与Warfarin结合模型的立体选择性理论研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
对CYP2C9酶与S-Warfarin复合物的晶体结构进行分子对接、分子动力学模拟、通道分析及结合自由能计算,发现原晶体结构中的结合模式为"亚稳态",提出了CYP2C9与S-Warfarin结合的可催化模式;比较了CYP2C9与S-和R-Warfarin结合的异同,确定了在结合过程中起重要作用的锚定氨基酸残基,尤其是位于活性位点区域的苯丙氨酸簇.在结合过程中这些残基通过芳香环的移动对稳定底物的结合模式起到至关重要的作用,阐明了该酶呈现相关底物选择性的原因.对于CYP2C9与底物对接模式及立体选择性的研究有助于在分子层面上理解特异性底物与酶的结合特点,为潜在的药物设计提供了合理可信的理论依据.  相似文献   
2.
采用分子动力学模拟方法系统地研究了谷胱甘肽硫转移酶家族(Glutathione S-transferases,GSTs)的等位基因蛋白B(GSTP1*B)与抑制剂利尿酸(EA)以及EA的谷胱甘肽(GSH)共轭物EAG(I),EAG(O)的具体结合方式.抑制剂及其谷胱甘肽共轭物与蛋白的相互作用能计算结果及分子动力学轨迹的统计分析结果表明,GSTP1*B与EA的谷胱甘肽共轭物的结合能力优于其与EA的结合能力,Phe8,Arg13,Trp38和Tyr108是作用过程中的关键残基,对稳定抑制剂及其谷胱甘肽共轭物在GSTP1*B的G和H位点的构象具有重要的作用.通过对构象的统计分析发现,残基Phe8和Tyr108与GSTP1*B酶对抑制剂的选择性密切相关.  相似文献   
3.
阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种中枢神经系统致死性神经原发性退行病变,是老年痴呆症中最常见的一种类型.乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEI)是目前治疗AD的主要药物.我们选择他克林、利伐斯的明、石杉碱甲、在研药物TV-3326、多奈哌齐和Anseculin,分别与AChE进行分子对接研究.结果表明:抑制剂与AChE结合能力的大小顺序为:他克林〈利伐斯的明〈石杉碱甲〈TV.3326〈多奈哌齐〈Anseculin,这与实验中测得ACHE1的IC50值反应活性大小一致.上述6类药物分子,Anseculin与AChE的相互作用能力最强.  相似文献   
4.
GSH对两种谷胱甘肽过氧化物酶模拟物活性影响的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A’-二苯胺-6B,6B’-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD). 采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示, 6A,6A’-二环己胺-6B,6B’-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活力均比6-AnSeCD的高. 为了进一步考察6-CySeCD和6-AnSeCD与GSH之间的相互作用, 进行了分子动力学(MD)模拟和分子对接研究. 结果表明, 与GSH的结合使GPX模拟物的构象发生变化, 这种改变可能是影响桥连GPX模拟物催化活性的关键因素.  相似文献   
5.
报道了水解酶催化二乙基锌与芳香醛的加成反应,对反应条件进行了优化.在最适条件(嗜热酯酶APE1547为酶源,反应温度40℃,氯仿为溶剂,4-Cl-苯甲醛为底物)下,加成反应生成的光学活性醇产率最高达78%,ee值最高可达56%.通过实验结果和分子动力学分析对可能的反应机理进行了推测.本研究进一步拓展了酶的非专一性.  相似文献   
6.
利用同源模建和分子动力学模拟,模建了细胞色素P450(CYP2s1)的三维结构.在模建结构的基础上,分析了活性位点的组成和结构,并进行了与小分子(维甲酸)的分子对接研究.研究结果表明,在由维甲酸和CYP2s1形成的复合物中,非键相互作用较强,其中,GLu411和Ala414是与维甲酸相互作用能最强的两个残基,对复合物的结合起重要作用.  相似文献   
7.
侯春园  郑清川  舒鑫  张红星 《化学学报》2007,65(18):1947-1950
Cs对称性和aug-cc-pVTZ基组水平下, 采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)研究了CH3O2自由基基态及其阴阳离子的12个低激发态. 为了进一步考虑动态电子相关效应, 采用二级多组态微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值. 所有计算得到的电子态都是价电子态, 而且所得绝热激发能和电子亲和势与实验值非常接近.在CASPT2//CASSCF理论水平下计算了CH3O22A"和2A'电子态的CH3O2→CH3+O2的解离反应的势能曲线(PECs). 优化得到的裂解产物的几何结构和能量与分别优化CH3和O2得到的结果进行比较, 从而确定裂解产物的电子态. 结果表明, 从2A"和2A'电子态的解离反应分别对应产物CH3(2A")+O2(3A")和CH3(2A")+O2(1A").  相似文献   
8.
实验提示应用248 nm UV波长对HCNO分子进行直接光解, 该分子可能发生裂解, 得到某些产物. 为了揭示HCNO分子的裂解机理, 选择HCNO分子的一组相对能级作为理论研究的起始点, 即1A' (0.00 kJ/mol), 3A' (255.01 kJ/mol), 3A" (282.37 kJ/mol)和1A" (341.59 kJ/mol), 进而找到了合理的反应路径, 阐明了相应的裂解机理, 得到的主要产物为H+NCO, HCN+O和NH+CO, 与实验提示的结果相符合.  相似文献   
9.
采用CASSCF/CASPT2方法研究了NaCCH自由基的低能电子态,在C2v对称性下给出了NaCCH自由基9个低能激发态的几何、组态、CI系数、振子强度、垂直激发能和绝热激发能.研究结果表明,NaCCH自由基的基态X1Σ+几何和转动系数与实验值是一致的;谐振频率与其他理论方法得到的值也符合的很好;HOMO和LUMO轨道的能量间隔为3.80eV,对应着13Σ+的绝热激发能;除13Π外,其它低能激发态均是稳定状态;基态到三重态是自旋禁阻的.  相似文献   
10.
C6H5N光谱性质的多组态二级微扰理论研究   总被引:1,自引:1,他引:0  
采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)在C2v对称性和6-31g(d,p) 基组水平下, 研究了C6H5N自由基及其阴阳离子的基态和低激发态性质. 为了进一步考察动态电子相关效应, 采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值. 计算得到13A2→13A1和13A2→13B2在4303.1和4212.2 kJ/mol处的激发可分别归因于π(b1)→ny和π(a2)→ny的跃迁, 而13A2→13B1和13A2→11B1在2634.9和2700.4 kJ/mol处的激发具有nx→π*(a2)和π(a2)→nx的混合跃迁特征, 理论波长与紫外吸收光谱得到的实验数据一致. 计算得到的电离能与实验值也非常接近.  相似文献   
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