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为了研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白(ABP)与配体结合能力的影响,对ABP、ABP结合树胶醛糖复合物及ABP结合半乳糖复合物以及它们各自的突变体分别进行60 ns的分子动力学模拟.模拟结果表明,108号残基突变前后,电子等排体的两个氨基酸残基,使蛋白与配体间的范德华相互作用发生明显变化,同时导致蛋白的内部运动也发生变化,进而影响蛋白与配体的相互作用.进一步分析表明,突变前后的蛋白构象变化都趋向于两个结构域张开,而与配体的结合可减缓张开程度. 相似文献
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为研究电压依赖阴离子选择性通道(VDAC)分子的调控机制,在有无电场存在情况下,对Ⅰ型人类VDAC分子(hVDAC1)分别进行了分子动力学模拟研究.结果表明,外加电场的有无与方向变化对hVDAC1分子的运动模式和离子通过过程影响不明显,hVDAC1分子仍然保持以N端α螺旋在β内横向运动为主的运动模式.综合模拟结果和相关... 相似文献
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分子动力学研究亚铁血红素激活蛋白转录激活机理 总被引:2,自引:1,他引:1
以3种亚铁血红素激活蛋白(Heme activator protein, HAP)-DNA 复合物(野生型HAP1-wt, Ser63/Arg63突变HAP1-18 和 Ser63/Gly63突变HAP1-PC7)为对象对亚铁血红素激活蛋白的转录激活机理进行了分子动力学研究. 对3个复合物分子动力学轨迹的比较性分析显示, 涉及到上游活化序列(Upstream activation sequences, UAS)识别的蛋白质-DNA 相互作用分布与实验观测到的3种蛋白转录活性一致. 进一步对3个复合物进行柔性分析显示, 3个DNA分子具有相似的柔性, 而又有所不同, 特别在涉及UAS识别的N-端和Zn2Cys6结构域前部有明显的柔性差异. 蛋白质柔性的差别导致不同的蛋白质-DNA相互作用. 因此亚铁血红素激活蛋白的N-端和Zn2Cys6结构域前部的柔性大小能够调节亚铁血红素激活蛋白转录激活功能. 相似文献
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选择一个可以形成淀粉样纤维的九肽作为研究对象,分别在酸性和碱性的环境下,运用分子动力学模拟的方法研究了这个九肽的β聚集结构,并且研究了它们的热稳定性.结果表明,在碱性环境下,九肽倾向于形成平行折叠结构,而在酸性环境下,九肽倾向于形成反平行折叠结构,与实验结果一致.此外,无论是构成哪种折叠,肽链都沿折叠的生长方向成左手螺旋状排布,但是相邻的肽链间的扭转角度不同,平行的扭转角小于反平行的扭转角,由此可以推断,平行的β折叠更容易形成β折叠片之间的堆积,因此可以在一定程度上解释在碱性环境下的九肽淀粉样纤维的直径大于在酸性环境下淀粉样纤维的直径这一实验结果. 相似文献
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通过分子动力学对细胞松弛素B与葡萄糖/质子共转运蛋白的两种质子化状态进行了模拟, 发现细胞松弛素B对处于去质子化阶段的葡萄糖转运蛋白具有更好的抑制效果. 结果表明, 357号色氨酸和117号脯氨酸是葡萄糖转运蛋白结合细胞松弛素B的关键氨基酸; 并且当抑制剂与受体蛋白结合时, 位于第10号跨膜螺旋上的357号色氨酸与细胞松弛素B的相对位置对抑制剂的结合有重要意义. 相似文献
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烯二炔环发色团分子(Enediyne ring chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性, 但由于它缺乏稳定性, 必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素: Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用. 作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物, 烯二炔环发色团分子从结合蛋白释放到细胞过程仍然是不清楚的. 以新制癌菌素复合物和对应的结合蛋白的X射线衍射结构作为研究对象, 运用分子动力学的模拟和拉伸动力学方法研究烯二炔环发色团分子从结合蛋白中释放的机理. 模拟结果表明从萘酸基方向释放可能是烯二炔环发色团分子最佳的释放路径. 相似文献
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Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟 总被引:1,自引:0,他引:1
Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂, 是一种含有39个氨基酸残基的多肽, 其第13号氨基酸Gln突变为Tyr, 使活性增强. 应用分子动力学模拟方法, 分别优化了突变前后, Exendin-4与蛋白的复合物结构, 并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析. 阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因, 结果表明, 突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用, 从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力. 相似文献
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SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂的理论研究 总被引:1,自引:1,他引:0
应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover 3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要的参考信息. 相似文献