中蜂囊状幼虫病毒结构蛋白预测与鉴定

摘要 本文采用RT-PCR方法和质谱分析对中蜂囊状幼虫病毒辽宁株（CSBV-LN）全基因组进行分子克隆、序列测定、分子生物学特性分析及其结构蛋白预测和鉴定。结果获得CSBV-LN全基因组序列长为8863个核苷酸,编码一个大的开放阅读框,其中包括178nt的5'非编码区的前导序列和142nt的3'非编码区,后面跟着一个poly(A)的尾巴。通过软件分析表明,CSBV-LN蛋白序列,类似于哺乳动物的小RNA病毒蛋白序列,预计存在VP1,VP2, VP3和VP4四个小的结构蛋白,系统分析进化分析表明CSBV,SBV和 DWV起源相同,推测CSBV有着类似DWV的结构蛋白序列5’-VP2 VP4 VP1 VP3-3。基于此,根据PAGE蛋白条带的大小,利用NetPicoRNA软件预测结构蛋白的裂解位点。在此基础上,对纯化后的CSBV进行SDS-PAGE,经SDS-PAGE分离到的4个蛋白进行质谱分析,结果鉴定出VP1、VP3和VP0三个蛋白。