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1.
运用密度泛函理论,在6-31G(d)基组水平上对甘氨酸直链寡肽进行几何优化,并对其几何结构、平均结合能、振动频率进行计算。结果表明,平均结合能随着肽链增加单调变化,并趋于稳定;寡肽链键长的分析发现,链向与径向方向上变化趋势相反,存在各向异性。红外光谱的分析发现,位于肽键上同一基团的伸缩振动与弯曲振动分别发生红移和蓝移,并存在各向异性。这些现象源于:准一维的纳米结构导致了键长的各向异性;相同基团之间的诱导效应、耦合效应及氢键等因素导致了振动频率的红移和蓝移等现象。我们得出结论:甘氨酸直链寡肽链的生长利于结构的稳定性,在能量上,推测出寡肽链有自组装生长的趋势;在寡肽链的生长过程中,通过构象和光谱的现象,推断其物理化学属性存在尺寸效应。肽链端部基团的物理化学属性非常稳定,基本不受寡肽链长度的影响。该结果对应用红外光谱测量寡肽链的残基数及长度、特殊功能寡肽链的制备等工作具有指导意义。  相似文献
2.
研究了气相下的甘氨酸精氨酸二肽体系.在考虑三种异构体内轴转动时对势能面进行了系统采样.大量的初始构型经PM3、 HF/3-21G*、 BHandHLYP/6-31G*及BHandHLYP/6-311++G**方法逐级优化获取了最终的稳定构型,低能的结构进一步运用BHandHLYP、cam-B3LYP、 B97D及MP2方法在6-311++G(3df,3pd)基组下进行了单点能计算.计算了重要构象的转动常量、偶极矩、垂直电离能、温度分布及红外光谱.最终数据表明,气相GlyArg主要以电中性的状态存在,参考所有的氨基酸及部分二肽的稳定结构特征,结合各类氨基酸的疏水性,归纳出了各种不同二肽的最低能构象是中性或双电性构型的理论模型.  相似文献
3.
运用密度泛函理论对三种由不同氨基酸组成的低聚肽进行结构优化,并对其平均结合能和振动红外光谱进行分析,三种低聚肽分别为甘氨酸低聚肽、甘-丙氨酸低聚肽和甘-色氨酸低聚肽.本文主要研究,在肽链骨架相同而侧链基团不同的情况下,低聚肽的物理化学性质变化.结果表明,随着氨基酸残基数量的增加,三种低聚肽的结构稳定性都会增强,同时三种低聚肽也存在着尺寸效应,即官能团的振动都存在红移和奇偶振荡现象.侧链基团的引入会对低聚肽骨架的几何结构产生影响,在肽链生长过程中,侧链基团空间位阻大的分子优先自组装.本研究对应用红外光谱测定肽链基团和合成低聚肽等方面有一定指导意义.  相似文献
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