液相色谱-电感耦合等离子质谱和电喷雾电离质谱研究乙二胺二氯合钯与鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸反应产物

建立了基于HPLC-ICP-MS分离乙二胺二氯合钯[Pd(en)Cl2]与鸟嘌呤脱氧核糖核苷酸5’-d GMP反应产物的方法。方法得到两种能够随色谱流出的产物,产物在25 mmol/L磷酸盐缓冲液(pH 8.0)作为流动相时,得到的分离峰型良好。主产物保留时间为2.8 min,另一产物保留时间为3.2 min。主产物经富集后由ESI-MS(MS/MS)鉴定得到m/z为510,511,512,514和516的[M+1]+分子离子峰且丰度比与Pd同位素元素一致,再通过碎片推断结构为[Pd(en)(N1-5’-d GMP)],另一种产物经HPLC-DAD解析发现紫外吸收光谱与[Pd(en)(N1-5’-d GMP)]完全相同,HPLC-ICP-MS发现产物含Pd量也与[Pd(en)(N1-5’-d GMP)]相同,结合文献推断另一产物为[Pd(en)(N1-5’-d GMP)]的多聚物。研究表明,[Pd(en)(N1-5’-d GMP)]易在酸性条件下生成,其多聚物易在碱性条件下生成,在反应体系pH=6.0时,[Pd(en)(N1-5’-d GMP)]在12 h内生成且稳定存在。HPLC-ICP-MS图谱显示随着反应pH的增加两种产物的总量逐步减少。     

寡聚核苷酸中鸟苷对四甲基罗丹明的荧光猝灭

具有核苷特异性的荧光猝灭技术在生物领域具有广泛应用.为了更好地理解这一过程的机理及其影响因素,研究了核苷对四甲基罗丹明（TMR）染料的分子间猝灭和在同一条寡聚核苷酸链中的分子内猝灭.与以前的研究结果一致,脱氧单磷酸鸟苷（dGMP）可以有效地猝灭TMR,而其他单磷酸腺苷对其的猝灭可以忽略.由斯特恩-沃尔默图获得TMR和dGMP的双分子猝灭常数为Ks=52.3L/mol.将TMR标记在寡聚核苷酸末端,可以观测到其荧光通过光致电子传递有效地被鸟苷猝灭,我们利用荧光相关光谱的方法测定了这一过程的猝灭速率常数.此外,所得的数据还显示鸟苷附近的碱基会对分子内的猝灭过程产生显著的位阻效应.这些结果将有助于设计寡聚核苷酸荧光探针和理解G猝灭过程.     

烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸与纳米氧化铝和勃姆石的作用

采用多种现代分析手段研究了烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)与纳米氧化铝(γ-Al2O3)和纳米勃姆石(γ-AlOOH)的相互作用,结果显示NADP+与γ-AlOOH主要通过静电作用相结合,而在γ-Al2O3表面除了静电和氢键作用外,还存在通过铝与磷酸根中的氧配位形成的内层配合物;在3相似文献   

核酸靶分子与某些中药成分的非共价作用研究

选择与SAPS病毒相关的DNA片段作为抗病毒药物筛选的靶分子,利用生物质谱技术,通过对该寡聚去氧核苷酸分子与常见中药黄芪、穿心莲、刺五加、苦杏仁、牛蒡子、栀子、菘蓝（板蓝根、大青叶）及厚朴中的主要化学成分——黄芪甲苷、苦杏仁苷、穿心莲内酯、栀子苷、紫丁香苷、牛蒡子苷、靛蓝、靛玉红、厚朴酚及和厚朴酚的相互作用研究,发现与寡聚去氧核苷酸的作用强度顺序为：黄芪甲苷＞苦杏仁苷＞穿心莲内酯＞栀子苷＞紫丁香苷＞牛蒡子苷、靛玉红、靛蓝、厚扑酚及和厚朴酚与寡聚去氧核苷酸没有复合物形成。还研究了黄芪甲苷与3种脱氧核苷的相互作用。本方法作为药物筛选具有一定的可行性。     

猪瘟病毒HCLV株E_2核苷酸序列与结构分析

用 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ技术从 Ｃ Ｓ Ｆ Ｖ Ｈ Ｃ Ｌ Ｖ 株 Ｆ４８２ 代感染兔脾的细胞总 Ｒ Ｎ Ａ 中分段扩增出了 Ｃ Ｓ Ｆ Ｖ Ｅ２ 基因特异的３ 个部分重叠的 Ｄ Ｎ Ａ 片段（大小分别为 ４９９ ｂｐ、５７２ ｂｐ 和 ２４５ ｂｐ）,并将之分别克隆到ｐ Ｇ Ｅ Ｍ Ｔ 载体上 经核苷酸序列测定和片段重叠完成了包含 Ｅ２ 全长基因的 １ １４４ ｂｐ 序列的测定,其 Ｇ Ｃ含量为４９．０％ ：核苷酸序列与国外报道的各株病毒的 Ｅ２ 基因同源性分别为８３．５％ ～９７．５％ ;其推导的氨基酸序列的同源性也分别为８９．３％～９６．２％ ,变异主要分布在 Ｅ２ 蛋白的 Ｎ 半部分     

基序B参与调控模板依赖的聚合酶抑制作用

RNA依赖的RNA聚合酶是参与新冠病毒进行RNA复制与转录的主要分子机器. 之前的实验研究表明瑞德西韦在模板链上时存在两次抑制作用,即不仅可以抑制与之互补的尿嘧啶核苷三磷酸的加成,还可以抑制下一位核苷三磷酸的加成. 然而,第二次抑制作用的分子机制尚未阐明. 本文运用了分子动力学模拟,发现瑞德西韦在模板链上的第二次抑制不是直接作用于核苷酸在活性位点的加成,而是源于瑞德西韦从+1位点到-1位点的迁移过程受到阻碍,这将导致活性位点无法空出,核苷三磷酸无法进入活性位点从而产物链的延长被终止. 首先,发现了基序B中G683会和瑞德西韦的1''-氰基相互作用,导致移位后态的RNA双链配对稳定性低于移位前态,从而使得瑞德西韦的移位在热力学上不易发生. 其次,由于瑞德西韦的1''-氰基在迁移过程中会与基序B的S682产生位阻,进一步从动力学上阻碍了瑞德西韦动态移位的发生. 本研究不仅揭示了基序B上两个相邻且高度保守的氨基酸可以调控瑞德西韦沿模板链的移位过程,同时,本文的发现也进一步完善了对瑞德西韦抑制新冠病毒RNA复制和转录的分子机制的理解.     

三元混配铂(Ⅱ)配合物的稳定性和分子内芳环堆积效应研究

用 pH电位滴定法测定了铂 (Ⅱ )与核苷酸NTP (NTP为腺苷 5′ 三磷酸和尿苷 5′ 三磷酸 )和另一芳环系列配体ArL形成的三元混配配合物Pt(ArL) (NTP) n -(ArL =Phen ,Bpy和Trp ;n =2或 3)在水溶液中的稳定常数 (I=0 .1mol/L ,KNO3 ;2 5℃ ) .用ΔlogKPt比较了二元和三元混配配合物的稳定性差异 ,认为三元混配配合物稳定性的增加可归因于π 酸与π 碱之间的合作效应和分子内芳环配体的堆积作用     

锤头状Ribozyme在修饰核苷酸ψ3′侧的定点剪切

现有知识所知道的锤头状Ribozyme结构中,剪切是在特殊位点的3′侧发生,我们将含GTΨ的酵母丙氨酸tRNA 3′半分子(40聚)作为底物,按Haseloff-Gerlach锤头结构模型设计了一个38聚的Ribozyme分子。在镁离子存在的条件下,GTΨ的3′侧发生预期的体外剪切反应。反应的米氏动力学参数为:K_m:6.7μmol/L,k_(cat):3.4×10~(-3)/min。与此同时,合成了一个17聚的底物类似物,仅以GUU代替上述的GTΨ序列。恒态动力学分析表明,两底物的K_m值大致相同,但k_(cat)值相差达294倍。实验表明,修饰核苷酸Ψ可以是Ribozyme锤头结构中的剪切位点,但具有很低的k_(cat)。     

Cu(II)-氨基酸-核苷酸三元配合物 II: Cu(II)-L-组氨酸、L-赖氨酸－5'-嘌呤核苷酸三元配合物

合成和表征了新的三元配合物: [Cu(L-His)(5'-AMP)]Cl2.4H2O,[Cu(L-His)(5'-GMP)]Cl2, [Cu(L-His)(5'-IMP)]Cl2.2H2O,[Cu(l-Lys)2(5'-GMP)]Cl2.6H2O, Na2[Cu(L-Lys)2(5'-GMPH_2)].6H2O,Na2[Cu(L-Lys)2(5'-GTPH_2)].6H2O, Na2[Cu(L-Lys)2(5'-IMPH_2)].10H2O. IR及NMR谱表明, 5'-嘌呤核苷酸以嘌呤碱基上的7-N原子与Cu(II)配位。在5'-嘌呤核苷酸形成的配合物中, 磷酸根不参与配位, 但是Na2.5'-GMPH-2和Na.5'-GTPH-2的磷酸根参与配位, 而Na2.5'-IMPH-2的磷酸根不参与配位。     

反相高效液相色谱法测定大鼠脑组织中高能核苷酸及其代谢物

在缺氧和缺血性疾病中,机体能量代谢障碍的程度可用组织中高能核苷酸及其代谢物的含量变化来反映。3-硝基丙酸(3-NPA)是引起变质甘蔗中毒的主要毒素,它可抑制参与三羧酸循环的琥珀酸脱氢酶,使有氧氧化受阻而导致能量代谢障碍。本文参照Hull-Ryde方法建立了一个重复性好、灵敏度高的高能核苷酸及其代谢物的反相高效液相色谱测定方法,并将它用于3-NPA染毒大鼠大脑皮层中能