急性髓细胞白血病基因筛选模型的贝叶斯分析

基因表达数据蕴含着大量的生物信息,在生物基因信息研究中,筛选表达水平发生显著变化的差异基因是认识疾病形成机理和辅助靶点药物研究的关键问题.根据急性髓细胞白血病(AML)的基因表达数据,构造基因均值差序列,建立贝叶斯分层混合模型,并为模型的参数赋予具有基因生物特征的先验信息.采用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法对模型参数进行估计,并筛选出急性髓细胞白血病差异表达基因.在实际数据分析中,从美国生物信息中心(NCBI)的高通量基因表达数据库中获取急性髓细胞白血病基因数据集,从经过非特异滤波预处理的14688个急性髓细胞白血病基因中筛选出711个差异表达基因,差异表达基因数仅占急性髓细胞白血病基因总数的4.84%,这一结果与基因差异表达的生物学原理相吻合.     

血流动力学与动脉粥样硬化

动脉粥样硬化引发的心血管疾病已成为疾病死亡的主要原因，动脉粥样硬化虽是一多因素疾病，但该疾病的局部性现象却与心血管系统的血流动力学特性有关。目前，人们在这一领域的研究重点主要集中于弄明局部应力，特别是流动剪切应力变化对动脉血管生理和病理的影响，本在综述血流动力学因素对动脉粥样硬化的影响的同时，根据实验研究提出了一些新的见解，认为血管内壁脂质浓度极化也是造成动脉粥样硬化的重要因素。     

基于神经网络MIV值分析的肿瘤基因信息提取

运用统计学及数据挖掘相关知识,以结肠癌基因表达图谱为研究对象,综合运用GB指数、BP神经网络、小波变换等方法对问题给出求解的过程和结果.首先采用GB综合指数对无关基因进行筛选,选择两组备用基因的交集(114个)作为信息基因,降低基因维度.其次,用基因间的强相关性剔除冗余基因,利用BP神经网络对基因进行错判数计算,选取错判率最低、基因子集中基因数量最少的基因特征组,再利用平均影响值(MIV)方法进行基因筛选,最后进行错判数计算,最终确定含有12个基因的子集为最优基因组合.第三步,将每组基因表达值看做基因信号,运用小波转换法对基因数据进行去噪,去噪后特征基因减少为8个.     

2010年研究生数学建模竞赛A题综述

第七届全国研究生数学建模竞赛A题是生物信息学中的一个急需解决的问题.虽然有关问题的研究已经经历了十多年,但由于问题的复杂性,人们的认识还很局限,基本的结论大多还以定性的为主,定量的探讨正方兴未艾.对参赛队员来讲解决该问题是一个极大的挑战.研究生们在讨论该问题时,大多直接进行分类.然而对于一个小样本的学习问题,显然这样做是行不通的.所以问题的关键是从数学和生物学角度减少用于分类的特征数目.同时,对于获取的基因标签,需要从临床上或生物学角度找到验证.该问题的求解过程引导研究生们从数学建模走向解决实际问题.     

Expression and Emmprin Regulated Function of Aquaporinl in SMMC7221 Cells

<正>Herein lie the crosstalk and regulation between AQP1 and Emmprin in SMMC7221 cells by means of siRNA technology and deglycosylation method.Firstly,HAQP1,rather than hAQP3,was selectively upregulated in SMMC7221 cells by FBS,flollowed by the upregulated expression of Emmprin.Emmprin gene silencing caused a remarkable change in the expression of AQP1 gene,just like its downstream gene,MMP9,meanwhile the water permeability and cell migration were also descended prominently.Furthermore,when treated with tunicamycin, Emmprin was deglycosylated,which made the expression of AQP1 significantly declined,followed by remarkably decreased cell membrane water permeability and cell migration.Taken together,all the data indicates the expression level and the modification of Emmprin by glycosylation are the key factors in regulating the expression of AQP1.     

不同发光二极管单色光质对三角褐指藻中岩藻黄素含量及相关基因表达的影响

研究了发光二极管(LED)单色光质对三角褐指藻细胞生长、岩藻黄素含量及岩藻黄素生物合成相关基因表达的影响。实验结果表明:红光、绿光、紫光可以促进三角褐指藻的生长,在红光处理下,第6天的藻细胞数与对照组相比极显著上升(P0.01),增加了12.44%;黄光、蓝光对三角褐指藻的生长均有抑制作用;经绿光、紫光处理后,藻细胞的衰老速度比对照组快;用红光、紫光处理三角褐指藻,其岩藻黄素含量有所增加,与对照组相比分别增加了16.61%和26.78%;蓝光、绿光处理后的岩藻黄素含量与对照组相比极显著降低(P0.01),这与光合作用相关的色素指标——叶绿素a的含量变化基本一致。岩藻黄素生物合成相关基因表达的结果表明:在玉米黄素环氧酶基因(zep)、八氢番茄红素合成酶基因(psy)、ξ-胡萝卜素脱氢酶基因(zds)、番茄红素β-环化酶基因(lcyb)、胡萝卜素异构酶基因(crtiso)和八氢番茄红素脱氢酶基因(pds)这6个基因中,关键基因psy的表达量与岩藻黄素含量的变化基本一致;在红光处理下,pds、lcyb的表达量显著上调。在不同光质处理下,三角褐指藻中岩藻黄素的生物合成可以由岩藻黄素生物合成相关基因表达来实现,而且还可能与光合作用有关。     

牵张力使大鼠实验性牙齿移动对PTHrP表达的影响

通过探讨牵张力对甲状旁腺激素相关蛋白(Parathyroid hormone related protein,PTHrP)表达、分布的影响,为深入了解正畸牙齿移动过程的骨改建机理提供参考,本文使用体重200±20g、6～8W龄的健康雄性Wistar大鼠42只适应性喂养1W后随机分为7组,每组6只。选择每只大鼠的左侧上颌第一磨牙作为实验牙,以左侧上颌切牙作为支抗牙,安装正畸用0.012英寸(inch)步镍钛螺旋拉簧,力值为50g(0.49N)。分别于安装牙齿移动装置后1d、3d、5d、7d、14d、21d处死实验组大鼠,取含左侧上颌第一磨牙及其周围牙槽骨的组织块,常规进行HE染色和SABC法免疫组织化学染色。利用图像分析系统(0BI200高清晰度彩色病理图文分析系统),对每张免疫组化染色后的切片做定量分析。SPSS17.0建立数据库并进行统计学分析,显示在张力区牙周膜及牙槽骨组织中的成骨细胞、成纤维细胞以及间充质细胞PTHrP呈阳性表达,且张力区牙周组织中PTHrP的表达在加力第5天达到高峰。表明PTHrP牙周组织的改建有一定的调节作用,使张力区与压力区向不同的方向发展。     

重组家蚕核多角体病毒（rBmNPV）的复制及所载HuIFN－α基因的表达

报道了重组家蚕核多角体病毒（ＢｏｍｂｙｘｍｏｒｉｎｕｃｌｅａｒＰｏｌｙｈｅｄｒｏｓｉｓＶｉｒｕｓＢｍＮＰＶ）在家蚕细胞ＢｍＮ中复制的细胞病理学变化，除了不形成多角体以外，与野生型病毒相同．研究了病毒感染复数、细胞接种密度和细胞生长阶段对重组病毒复制和α－干扰素（ＩＦＮ－α）表达量的影响．在一定低感染复数时，α－干扰素的产量较高．对于重组病毒的复制，最适的细胞接种密度为３．６～７．０×１０５细胞／瓶．在细胞指数生长前期（４８～６０ｈ）接种重组病毒，对于获得较高的重组病毒复制效价和α－干扰素的产量都是有利的．