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1.
运用密度泛函理论,在6-31G(d)基组水平上对甘氨酸直链寡肽进行几何优化,并对其几何结构、平均结合能、振动频率进行计算。结果表明,平均结合能随着肽链增加单调变化,并趋于稳定;寡肽链键长的分析发现,链向与径向方向上变化趋势相反,存在各向异性。红外光谱的分析发现,位于肽键上同一基团的伸缩振动与弯曲振动分别发生红移和蓝移,并存在各向异性。这些现象源于:准一维的纳米结构导致了键长的各向异性;相同基团之间的诱导效应、耦合效应及氢键等因素导致了振动频率的红移和蓝移等现象。我们得出结论:甘氨酸直链寡肽链的生长利于结构的稳定性,在能量上,推测出寡肽链有自组装生长的趋势;在寡肽链的生长过程中,通过构象和光谱的现象,推断其物理化学属性存在尺寸效应。肽链端部基团的物理化学属性非常稳定,基本不受寡肽链长度的影响。该结果对应用红外光谱测量寡肽链的残基数及长度、特殊功能寡肽链的制备等工作具有指导意义。  相似文献
2.
研究了气相下的甘氨酸精氨酸二肽体系.在考虑三种异构体内轴转动时对势能面进行了系统采样.大量的初始构型经PM3、 HF/3-21G*、 BHandHLYP/6-31G*及BHandHLYP/6-311++G**方法逐级优化获取了最终的稳定构型,低能的结构进一步运用BHandHLYP、cam-B3LYP、 B97D及MP2方法在6-311++G(3df,3pd)基组下进行了单点能计算.计算了重要构象的转动常量、偶极矩、垂直电离能、温度分布及红外光谱.最终数据表明,气相GlyArg主要以电中性的状态存在,参考所有的氨基酸及部分二肽的稳定结构特征,结合各类氨基酸的疏水性,归纳出了各种不同二肽的最低能构象是中性或双电性构型的理论模型.  相似文献
3.
李鑫  羊梦诗  叶志鹏  陈亮  徐灿  储修祥 《物理学报》2013,62(15):156103-156103
运用密度泛函理论, 在6-31 G(d) 基组水平上对甘氨酸色氨酸交替组成的六种寡肽链结构进行几何优化, 并进行了结合能和振动光谱地分析. 结果表明, 寡肽的生长利于结构的稳定性. 随着肽链的生长, 单一基团的振动存在蓝移或奇偶震荡现象; 同类官能团的耦合振动存在红移现象; 而肽链端部基团的振动频率基本不变. 这些丰富的频移现象和尺寸效应、耦合效应、诱导效应、奇偶效应等因素共同竞争有关. 该结果对应用红外光谱对寡肽链的残基数及长度地测量等工作有指导意义. 关键词: 寡肽链 红外光谱 耦合效应 尺寸效应  相似文献
4.
羊梦诗  李鑫  叶志鹏  陈亮  徐灿  储修祥 《物理学报》2013,62(23):236101-236101
运用密度泛函理论,对甘氨酸丙氨酸依次交替组成的13 条丝素寡肽链进行结构优化,并计算了平均结合能、偶极矩,绘出寡肽链的振动红外光谱. 计算结果发现,随着寡肽链的生长,平均结合能单调变化,典型官能团的红外特征峰均发生频移. 但官能团的伸缩振动和弯曲振动表现出相反的红移和蓝移趋势. 揭示出丝素氨基肽链的物理化学性质在生长过程存在尺寸效应及各向异性. 该现象源于同类官能团之间的耦合效应,以及分子内氢键作用对伸缩振动和弯曲振动具有不同的影响. 关键词: 寡肽 红外光谱 尺寸效应 奇偶效应  相似文献
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