地黄梓醇和乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟

梓醇能有效的的改善阿茨海默尔症状,但与乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,AchE)作用的分子机制尚不明晰.本文运用分子动力学模拟、结合自由能的计算和丙氨酸突变扫描的方法研究了两者的结合模式,结果表明:梓醇结合位点为乙酰胆碱酯酶的催化活性中心,并形成3个氢键,结合自由能为-60.59 k J/mol,结合的主要驱动力是范德华力和静电作用力,主要抑制力是极性溶剂化能,Tyr151和Gln176是两者结合的关键氨基酸.这些研究为开发高效的Ach E梓醇类似物抑制剂提供理论支持.     

葛根素与乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟

旨在阐明葛根素与乙酰胆碱酯酶(AChE)的分子作用机制,并为基于葛根素的类似物的AChE抑制剂的研发提供参考.运用AutoDock 4.2进行葛根素与AChE的分子对接,采用YASARA进行分子动力学模拟,利用MMPBSA.py模块计算复合体系的结合自由能,分析氨基酸的能量贡献.结果显示,葛根素与AChE对接体系含有4个氢键,2个π-π键. 5 ns后,体系均方根偏差(RMSD)趋于平衡,体系结合自由能为-18.19 kcal/mol.促体系结合的主要作用力是范德华力、静电作用力,非溶剂化能是主要的结合阻力.能量贡献最大的残基依次为Asn533、Lys530、Ala534、Pro529.这些研究为新型抑制剂的研发提供理论参考.     

吲哚胺2,3-双加氧化酶Ⅰ与抑制剂INCB024360作用的分子动力学研究

INCB024360是进入临床试验的吲哚胺2,3-双加氧化酶I（IDO1）抑制剂之一,但其结合机理尚不明晰。本文运用分子对接、分子动力学、自由能计算等方法研究了IDO1和INCB024360的结合模式,结果表明：IDO1和INCB024360的复合物形成了6个氢键,结合自由能为-70.82 kJ/mol,静电作用力是主要驱动力,极性溶剂化能是主要抑制力;丙氨酸突变扫描发现Ser263和Glu171是两者结合的关键氨基酸,ΔΔGbind值分别为15.35 kJ/mol和54.39 kJ/mol。这些数据为阐明IDO1和INCB02436结合的分子机制提供理论参考。