R基团搜索技术用于硼酸三肽蛋白酶体抑制剂的分子设计

本文采用Topomer CoMFA对44个Tyropeptin硼酸三肽类蛋白酶体抑制剂进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析。所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.983、0.651、0.963。采用Topomer search对ZINC数据库进行R基团的虚拟筛选,得到具有特定活性贡献的R基团,以活性最高的分子为模板过滤,得到7个R1和5个R2基团。并以此设计得到活性优于模板分子的20个新化合物。结果表明,所建立的Topomer CoMFA模型具有良好的稳定性和预测能力,基于R集团的Topomer search技术可以有效筛选,并为设计出新的蛋白酶体抑制剂提供理论依据。     

A 3D-QSAR Study of HIV-1 Integrase Inhibitors Using RASMS and Topomer CoMFA

Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is a significant human health threat around the world. Therefore, the study of anti-human immunodeficiency virus(HIV) drug design has become an important task for today's society. In this paper, a three-dimensional quantitative structure-activity relationships study(3 D-QSAR) was conducted on 53 HIV-1 integrase inhibitors(IN) using random sampling analysis on molecular surface(RASMS) and Topomer comparative molecular field analysis(Topomer CoMFA). The multiple correlation coefficients of fitting, cross-validation, and external validation of two models were 0.926, 0.815 and 0.908 and 0.930, 0.726 and 0.855, respectively. The results indicated that two models obtained had both favorable estimation stability and good prediction capability. Topomer Search was used to search appropriate R groups from ZINC database, and 28 new compounds were designed thereby. The Topomer CoMFA model was subsequently used to predict the biological activity of these compounds, showing that 24 of the new compounds were more active than the template molecule. Ligands of the template molecule and new designed compounds were used for molecular docking to study the interaction of these compounds with the protein receptor. The results show that the ligands would form hydrogen-bonding interactions with the residues LEU58, THR83, GLN62, MET155, LYS119 and ALA154 of the protein receptor generally, thereby providing additional insights for the design of even more effective HIV/AIDS drugs.     

有机磷酸酯类化合物气相色谱定量结构保留关系研究

采用分子电性距离矢量(MEDV)表征有机磷酸酯类化合物的分子结构,运用多元线性回归建立定量结构-色谱保留关系(QSRR)模型,同时采用逐步回归结合统计检测对模型进行变量筛选,建立了35个有机磷酸酯类化合物在3种不同固定相(OV-101,DB-1701和DB-WX)上气相色谱保留指数(RI)与MEDV的定量相关模型.在3种固定相上的QSRR模型的建模计算值复相关系数(R)、留一法(leave-one-out)交互校验复相关系数(QCV)分别为0.998 0和0.995 1(OV-101);0.996 3和0.989 6(DB-1701);0.993 7和0.984 1(DB-WX),表明模型具有良好估计能力与稳定性.     

TIBO衍生物类抗艾滋病药物三维定量结构活性关系研究

采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对20个TIBO类衍生物抗艾滋病药物进行定量构效关系(QSAR)研究。运用偏最小二乘回归(Partial Least Square Regression,PLS)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验。PLS建模的复相关系数(Rcum)、留一法(Leave-one-out,LOO)交互校验(Cross-validation,CV)复相关系数(QCV)和外部样本校验复相关系数(Qext)分别为0.837、0.804、0.812。结果表明,3D-HoVAIF能较好表征TIBO类衍生物抗艾滋病药物分子结构信息,     

脂肪酸酯水解行为及与低聚果糖缔合行为的研究和应用

酯类化合物是酒类产品的主要香味成分,也是化妆品、饮料、食品中主要呈香物质,故对其水解行为的研究对揭示影响酯水解反应因素及提高和稳定上述产品质量,特别是解决酒类产品低度化过程中存在的质量下降问题具有重要的意义[1]。对酯水解反应的研究前人作了大量的工作:Bender与Ma     

三维全息原子场作用矢量用于吡咯类抗艾滋病药物QSAR研究

采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对32个吡咯类抗艾滋病药物进行结构参数化表征,并与其活性建立定量构效关系。分别采用多元线性回归(MLR)和偏最小二乘(PLS)进行建模,建模的复相关系数(R2cum)、交互校验复相关系数(Q2cum)和模型的标准偏差(SD)分别为R2cum=0.914、Q2cum=0.812、SD=0.236(MLR);R2cum=0.836、Q2cum=0.719、SD=0.314(PLS),结果均优于文献值(R2cum=0.667,Q2cum=0.581,SD=0.420)。所建模型具有良好的稳定性和预测能力,表明3D-HoVAIF能够较好地表征该类分子的结构,值得进一步推广应用。     

酰肼类抗结核病药物的3D-QSAR研究

采用三维全息原子场作用矢量(3D-HoVAIF)对115个酰肼类抗结核病药物进行定量构效关系(QSAR)研究.运用多元线性回归(MLR)和偏最小二乘回归(PLS)建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行了深入分析和检验.MLR建模和PLS建模的复相关系数(R2cum)、留一法交互校验复相关系数(Q2LOO)以及外部样本校验复相关系数(Q2ext)分别为0.766、0.663、0.748和0.733、0.614、0.715.结果表明,3D-HoVAIF能较好表征抗结核药物分子结构信息,所建QSAR模型具有良好稳定性和预测能力,为抗结核病药物的研发提供一定的理论基础.     

双金属NiCoP的制备、表征及其性能研究

采用溶剂热法成功地制备出特定组成和形貌的NiCoP微晶.产物的物相和纯度利用X射线粉末衍射仪进行表征,结果表明,所得到的产物为纯六方相的NiCoP结构,并且结晶度很高;产物的形貌和尺寸利用扫描电子显微镜进行表征,结果显示,该产物是由平均直径为1 ～2 μm的实心球组成.为了得到最佳的制备条件,我们还进行了一系列的溶剂、温度和时间条件实验.此外,我们对产物进行了吸附性能的研究.实验结果表明,所制备的产物NiCoP实心球对一些有机染料表现出了较好的吸附性能,如甲基橙,孔雀石绿.     

部分有机物蝌蚪麻醉活性的预测

基于定量结构-活性相关性（QSAR）原理,研究了49种有机化合物结构与其蝌蚪麻醉活性的内在定量关系。首先应用分子电性作用矢量（molecular electronegativity interaction vector,MEIV）表征49种有机化合物的结构,再采用多元线性回归（MLR）方法建立了相应的QSAR预测模型,最后对所建模型分别进行了内部验证和外部验证。所建模型的复相关系数(Rcum)、留一法(LOO)交互校验复相关系数(RCV)和外部样本校验复相关系数(Qext)分别为0.9415、0.9127和0.9253,证明该模型均具有较高的稳定性和预测能力。