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1.
用分子图形学方法设计出26种P10模型,并对其进行了分子力学、PM3半经验量子化学和Hartree-Fock从头算优化。在P10原子团簇模型设计中,磷原子采用一、二、三或四配位。大部分P10的模型是在P9+和P8的模型上分别增加1、2个原子生成的。这些模型包括15种在势能面上局域极小点和11种鞍点(或过渡态)。从模型优化后的能量比较可知,2个四面体P4与1个P2通过4个单键连接的桥式结构最稳定。从最稳定楔状P8可以派生多种构型,其中有一种的能量也相当低。由正四面体P4和楔状P8派生出的结构具有能量优势,它们是构造大分子磷原子团簇的重要的结构基元。在模型几何优化中,得到了带有2个一配位原子的特殊结构,它含有2个三键(1.95A)。  相似文献   
2.
磷原子团簇同分异构体的理论研究I:P5+、P5-和P5的预测   总被引:2,自引:0,他引:2  
由激光产生的磷原子团簇正离子的质谱图中呈现很强的 P5 和 P5- 谱峰。使用分子图形学方法设计出 9种可能的同分异构体 ,对其中性及正负离子分子进行了分子力学、PM3半经验量子化学和 ADF密度泛函优化。在磷原子团簇模型中 ,磷原子采用 2、3或 4配位方式成键。从各异构体成键能量的比较可得知 ,最稳定的 P5 构型是四方锥的结构 ,最稳定的 P5-构型是平面五边形的结构 ,而最稳定的 P5构型是在最稳定的 P4的增加一个 2配位原子所生成的结构  相似文献   
3.
用分子图形软件设计出多种锗原子团簇Ge7的模型,并进行B3LYP密度泛函几何构型优化和振动频率计算,得到8种稳定的同分异构体结构。在锗原子团簇中,大部分原子以三、四、五配位成键。根据分子的总能量,最稳定的Ge7模型为D5h构型。Ge7稳定结构中高配位原子越多,构型越稳定。  相似文献   
4.
蛋白质与小分子结合的研究中,处理单位点结合模型的经典方法在计算解离平衡常数(Kd,Ki)时有缺点;文中推导的两个公式拟解决这个问题.公式直接使用受体总浓度([R]t)、配体总浓度([L]t)和探针分子总浓度([P]t),其适用性不受受体浓度、受体被探针饱和的程度,以及配体活性高低等因素的影响.基于这两个公式使用非线性拟合方法,可以从结合实验求得探针分子的Kd,从竞争实验求得配体的Ki.以CPA为荧光探针,运用推导的公式,则测定了PPARγ和一些配体结合的Ki,并首次报道了PPARγ-LY171883的Ki.  相似文献   
5.
选择活性跨越0.08~100 000nmol.L-1的8类共30个GSK-3竞争性抑制剂小分子作为训练集,其余490个不同结构和活性的小分子作为测试集.采用Accelrys Discovery Stutio Client 2.5软件,筛选得到由1个氢键受体、1个氢键供体、1个疏水中心、1个环芳香性和1个排除体积组成的最佳模型(Correl=0.900,Config=13.962,Δcost=90.725),采用测试集与分子对接方法对模型进行评价,表明该模型具有较强的预测能力,为进一步的数据库搜索及寻找新型GSK-3抑制剂先导物提供了依据.  相似文献   
6.
7.
原子团簇P6同分异构体的可能性   总被引:1,自引:0,他引:1  
使用分子图形学方法设计出 2 3种可能的同分异构体 ,并对其进行了分子力学、PM3半经验量子化学和 ADF密度泛函优化。在 P6原子团簇模型设计中 ,磷原子采用一、二、三或四配位。从各异构体的比较可得知 ,由正四面体 P4派生出的结构在能量方面具有优势。椅式结构、船式结构和平面结构的能量依次增大  相似文献   
8.
用分子图形软件设计出多种Ge_11原子团簇模型,使用B3LYP密度泛函方法进行几何构型优化和振动频率计算,比较了14种同分异构体的总能量,得到了新的基态构型。锗原子团簇的大部分原子以三、四、五和六配位成键。在Ge11原子团簇中,双角反四棱柱衍生出来的构型能量较低,它是设计大分子锗原子团簇初始模型的重要结构单元。由三棱柱演变的构型能量居中。带心结构和共边构型带有高配位原子,其总能量较高,是不稳定的结构。  相似文献   
9.
原子团簇Ge_7的结构与稳定性   总被引:2,自引:0,他引:2  
用分子图形软件设计出多种锗原子团簇Ge7的模型,并进行B3LYP密度泛函几何构型优化和振动频率计算,得到8种稳定的同分异构体结构。在锗原子团簇中,大部分原子以三、四、五配位成键。根据分子的总能量,最稳定的Ge7构型为D5h构型。Ge7稳定结构中高配位原子越多,构型越稳定。  相似文献   
10.
蛋白质与小分子结合的研究中, 处理单位点结合模型的经典方法在计算解离平衡常数(Kd, Ki)时有缺点; 文中推导的两个公式拟解决这个问题. 公式直接使用受体总浓度([R]t)、配体总浓度([L]t)和探针分子总浓度([P]t), 其适用性不受受体浓度、受体被探针饱和的程度, 以及配体活性高低等因素的影响. 基于这两个公式使用非线性拟合方法, 可以从结合实验求得探针分子的Kd, 从竞争实验求得配体的Ki. 以CPA为荧光探针, 运用推导的公式, 则测定了PPARg和一些配体结合的Ki, 并首次报道了PPARg-LY171883的Ki.  相似文献   
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