荒漠生态系统中的非线性动力学问题

本文给出了动物群体与荒漠绿洲脆弱带的周期、准周期、无周期振汤等事例。它们指明，种群密度的波都遵从非线性动力学规律，数值计算所得规律与经验规律对比后，其结果基本相符。     

基于氨基酸模糊聚类分析的跨膜区域预测

跨膜蛋白在进化过程中，序列保守性较差，即使是同源蛋白序列的一致性程度也较低，因而在跨膜区预测算法中，通过序列的一致性程度来选取训练集并不能有效地消除预测结果对训练集的过度适应性．本文提出了一种基于氨基酸模糊聚类分析的预测算法，通过氨基酸在各个区域分布的相似性程度进行模糊聚类，从而根据一类氨基酸的分布特性而不是各个氨基酸的分布特性进行跨膜区预测．结果表明，该方法能在一定程度上消除训练集的选取对测试结果的影响，提高跨膜蛋白拓扑结构预测的准确度，特别是提高对目前知之甚少的跨膜蛋白的预测准确度．     

基于Gene Ontology的表达谱与基因功能相似性的相关性研究

聚类是芯片数据分析中被广泛使用的方法。未知基因的功能通常通过其与已知基因在不同生物状态下具有表达相似性来进行预测。然而，还未有人就这种通过表达相似性来进行功能注释的方法的可靠性进行评估。本文利用Gene Ontology对表达相似性和基因功能相似性的相关关系进行了全面的研究。研究表明，尽管表达谱的相似性和基因功能相似性之间有一定的依赖关系，但相关性较弱。在Gene Ontology的三大类中，相对生物过程和分子功能，基因表达谱的相似性更有助于细胞组分的注释。本文的研究结果对于基因功能的预测有一定的指导意义。     

The effects of degree correlations on network topologies and robustness

Complex networks have been applied to model numerous interactive nonlinear systems in the real world. Knowledge about network topology is crucial to an understanding of the function, performance and evolution of complex systems. In the last few years, many network metrics and models have been proposed to investigate the network topology, dynamics and evolution. Since these network metrics and models are derived from a wide range of studies, a systematic study is required to investigate the correlations among them. The present paper explores the effect of degree correlation on the other network metrics through studying an ensemble of graphs where the degree sequence (set of degrees) is fixed. We show that to some extent, the characteristic path length, clustering coefficient, modular extent and robustness of networks are directly influenced by the degree correlation.