同源模建和分子对接研究HDAC1/HDAC8的选择性

组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标之一.由于HDACs包含多种亚型,且各亚型的生理功能存在一定的差异,其选择性抑制剂的开发已成为当前的研发热点.我们通过同源模建的HDAC1结构,与已有的HDAC8晶体结构的活性位点进行比较分析,探讨了对两者选择性有重要影响的残基,为基于受体的选择性抑制剂研究提供重要信息.同时选择了52个HDAC抑制剂,分别建立了HDAC1、HDAC8的活性值与对接打分值的线性回归模型.所建的HDAC1和HDAC8的线性构效关系模型的非交叉验证系数R2分别为0.82和0.80,表明具有一定的统计学意义.利用所建模型对已设计合成的化合物进行了预测,预测结果对HDAC1、HDAC8选择性抑制剂的优化改造提供了一定的指导意义.     

溶剂诱导固相合成MAGE-2表位多肽异构的LC-MS研究

近年来随着黑色素瘤特异性免疫治疗研究的不断深入,其肿瘤特异性抗原的发现及其细胞毒性T细胞(CTL)表位的预测及鉴定成为特异性免疫治疗及其多肽疫苗研制的重要前提.预测黑色素瘤抗原基因-2(MAGE-2)的HLA-A2限制性CTL表位的方法也日显成熟,预测出的表位其组成通常为10个氨基酸左右的多肽,随后进行固相合成.因不同氨基酸活化方式及偶联效率的差异,通常对合成的表位多肽进行梯度反相高压液相色谱(RP-HPLC-UV)分析制备,以确保下一步细胞功能性研究即细胞杀伤验证的特异性;MAGE-2众多表位多肽都表现较强的疏水性,虽然分析制备前可供疏水肽选择的有机溶剂系统较多,乙醇及甲醇溶剂系统可能最具代表性.当用乙醇或甲醇溶解众多MAGE-2疏水性表位多肽样品后进行色谱分析时发现,合成的MAGE-2表位多肽的RP-HPLC分析时,214 nm峰面积积分百分比都偏小,显示其合成时氨基酸偶联率较低,由此色谱分析结果推出的合成的低偶联率与理论上单个氨基酸99.5%的平均偶联率差距太大;随后的表位氨基酸组成分析也未发现有诸如半胱氨酸等可能导致折叠异构的氨基酸存在;如何消除这一困惑?正基于此,本实验随机选用了固相合成MAGE-2表位(161-169),通过不同溶剂处理后,在LC-MS技术平台上对其反相行为作了初步的研究.     

溶剂诱导黑色素瘤抗原基因-2特定表位多肽异构的LC/MS研究

 研究乙醇、甲醇两种常用溶剂系统对固相合成的黑色素瘤抗原基因 2 (MAGE 2 )的特定表位多肽 (171 179)异构的影响。分别运用乙醇、甲醇溶剂体系以及极性溶剂二甲基亚砜 (DMSO)作对照预处理固相合成的黑色素瘤抗原特异性MAGE 2表位多肽 (171～ 179) ,然后用反相高效液相色谱 /质谱联用技术 (RP HPLC/MS)对合成的表位多肽的m/z进行Q1正离子监测扫描分析 ,观察其在不同溶剂系统预处理下的异构情况 ,以选择合理的预处理条件。结果发现采用乙醇及甲醇溶样时MAGE 2表位多肽有异构体产生 ,极性溶剂DMSO溶样的表位多肽未有异构现象发生。