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1.
采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的DNA最稳定结构存在差异,AMBER力场比CHARMM力场更符合实验结果.AMBER力场下DNA最稳定结构的小沟较窄,稳定于B构型;而CHARMM力场下DNA最稳定结构的小沟较宽,介于B构型与A构型之间.通过分析DNA周围离子及水的分布情况发现,CHARMM力场下DNA小沟周围的离子密度明显低于AMBER力场,不能很好地抵消2条磷酸骨架之间的排斥作用,这是CHARMM力场下小沟较宽且趋向A构型的主要原因. 相似文献
2.
3.
化学计量学算法为重叠GC-MS信号解析提供了有效手段.免疫算法(IAs)可根据标准样品的信号(色谱或质谱)对重叠GC-MS信号进行解析并得到重叠信号中各组分的信息.但是标样信号与实际测量信号之间的差别会造成解析结果出现偏差.针对标样信号与测量信号不一致的问题,作者提出了一种交替迭代算法用于重叠GC-MS测量信号的直接解析.该方法在不提供标样信号的情况下可以解析出组分的质谱和色谱信息.计算过程中,采用随机产生的质谱作为初始输入,利用最小二乘和IA算法交替计算质谱和色谱,直到满足终止条件.采用所建立的方法对40种组分的农药混合物进行了分析,使用快速升温程序在10 min保留时间内得到了全部组分的色谱和质谱信息. 相似文献
4.
化学计量学算法为重叠气相色谱-质谱(GC-MS)信号的解析提供了有效手段,但其在计算过程中一般需要将数据进行分段处理,然后只对信号的某些区间进行解析,难以实现真正意义上的高通量分析。该文结合移动窗口目标转换因子分析(MWTTFA)和非负免疫算法(NNIA),建立了一种高通量解析方法。首先,根据所有可能存在的目标组分的标准质谱信息,利用MWTTFA检验复杂信号中存在的组分,并确定目标组分的质谱信息和洗脱时间区域。以得到的质谱信息作为后续计算的输入值,利用NNIA解析得到相应的色谱信息。采用快速升温程序对17种和42种农药混合标准样品的GC-MS信号进行分析,利用所建立的方法可在10 min内得到全部组分的色谱和质谱信息。 相似文献
5.
6.
小波包分析用于重叠分析化学信号的处理 总被引:9,自引:1,他引:8
对小波包分析的算法进行了改进,并将此算法成功地应用于多组分重叠色谱信号的解析,结果表明,本文提出的算法解决了MRSD算法的不足,更适合处理分析化学信号,用于重叠信号的解析不需重构,简化了数据处理步骤,加快了数据解析速度,具有较强的解析能力,对于重叠色谱信号的解析,小波包分析比小波分析具有更经的解析能力。 相似文献
7.
8.
一种有效提取弱信号的新方法 总被引:13,自引:0,他引:13
随机共振 ( Stochastic Resonance,简称 SR)最初由 Benzi[1] 于 1 981年提出 ,并在气象学领域中得到了成功的应用 .根据随机共振理论 ,通过加噪声可在某一“共振”点处大幅度提高信号的信噪比 .这种方法也已成功地应用于方波脉冲信号的恢复 [2 ] ,但在化学信号中的应用尚属空白 .我们首次将这种方法用于化学弱信号的检测 ,并在简单喇曼谱图的解析中获得成功 [3 ] .但是 ,加噪声的方法作为一种有效的信号分析手段还显得很不成熟 .具体表现为处理过程较繁 ,分析信号的峰位偏移明显 ,而且结果在一定程度上要依赖人为判断来决定 [3 ] . 在… 相似文献
9.
采用分子动力学方法模拟了天然α,β,γ-环糊精(cyclodextrin,CD)二聚体以及6-O-(4-hydroxybenzoyl)-β-CD(HB-β-CD)二聚体在真空和水溶液环境下的结构和相互作用.利用自由能微扰方法计算了三种取向二聚体的结合自由能,以判断其稳定性差异.结果表明,在真空中由于分子间氢键作用,3种天然CD均以大口端.大口端为优势稳定取向,在溶液中三种天然CD二聚体平衡后的结构受到水的影响发生了很大的变化,且稳定性降低,而两个HB—β-CD形成的相互包结的二聚体的结构变化不大.自由能计算的结果表明,无论在真空还是溶液中,由于包结作用HB-β-CD二聚体的小口端-小口端为明显的优势取向,且稳定性要远远大于天然β-CD二聚体. 相似文献
10.