核酸碱基的表面增强喇曼散射效应研究

本文应用表面增强喇曼散射(SERS)技术对两种碱基-鸟嘌呤和胞嘧啶-进行了研究,并对其在银镜上的吸附特性做了分析.在银镜上,胞嘧啶表现出很强的SERS特性,而鸟嘌呤不能得到象胞嘧啶那样明显的增强效应.吸附在银镜附近的胞嘧啶可以容易地从银膜上解吸,这是两种氢健的竞争所产生的结果.从已经取得的实验数据提出一种新的作用机制:胞嘧啶在银镜上的吸附是在氢键力下建立的,并且在化学上是可逆的.     

反铂与鸟苷配位对G-C碱基对间氢键的影响

本文在不同PH条件下研究了反铂与鸟苷的相互作用, 析出了不同结合方式的配合物, 并作了表征。用^1^3C和^1H NMR研究反铂与鸟苷不同方式的结合对G-C碱基对氢键的影响时发现, 反铂结合于鸟嘌呤N(7)对G-C配对能力有一定削弱, 但不能完全阻断G-C配对, 只有当反铂和鸟嘌呤的N(7)配位, 同时N(1)脱质子时才有可能完全中断G-C配位。     

紫草素与胞嘧啶相互作用的理论研究北大核心CSCD

采用密度泛函理论的M06方法在6-311++G**基组水平下对紫草素-胞嘧啶复合物进行了结构优化,得到了14个稳定的紫草素-胞嘧啶复合物.我们还应用了分子中的原子(AIM)理论和自然键轨道(NBO)理论对这14个复合物中的氢键的性质和特征进行了分析.通过基组重叠误差(BSSE)校正后的相互作用能,成键临界点电荷密度,二阶稳定化能的计算和分析,发现复合物1的结构是最稳定的.     

胞嘧啶分子拉曼光谱研究

本文通过实验测量了胞嘧啶的常规拉曼光谱,有四个弱拉曼峰在以前胞嘧啶的常规拉曼光谱中未检测到。采用密度泛函(Density Function Theory)B3LYP/6-31+G(d,p)计算了胞嘧啶分子的拉曼光谱。结合理论计算结果对实验拉曼光谱振动模式进行了指认,并对其中几个拉曼峰非常弱的原因进行了分析。     

DNA甲基化修饰的定位分析方法研究进展

5?甲基胞嘧啶(5?Methylcytosine,5mC)作为DNA中研究最为广泛的表观遗传修饰,不改变基因的序列,但是可以调控基因表达,从而在生命体的生长、发育和疾病发生中发挥着重要作用.研究5mC的分布、变化及作用机制有助于加强对生命体活动本质的理解.阐明基因组DNA中5mC修饰的生物学功能主要依赖于精准破译其在基...     

表观遗传修饰——5-羟甲基胞嘧啶检测的研究进展

表观遗传修饰是指在不改变DNA序列的情况下, 基因表达发生的可遗传变化. 5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine, 5hmC)是继5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)后发现的表观遗传修饰, 被称为“第六种碱基”. 5hmC广泛分布于哺乳动物的组织和细胞中, 它的异常表达与肿瘤发生、发育性疾病和神经系统疾病密切相关. 由于5hmC的结构与5mC相似, 并且其丰度远远低于5mC, 传统方法难以实现对5hmC的准确和灵敏检测. 近年来, 科学家们结合新的修饰方法和信号放大策略, 发展了一系列超灵敏检测5hmC的新方法, 包括液相色谱串联质谱法、荧光法、电化学法、光电化学法、单碱基分辨率的测序法和单分子检测技术. 这些方法各自具有其独特优势, 有力推动了表观遗传学的发展. 本综述总结了5hmC检测方法的最新研究进展, 并对其面临的挑战和发展趋势做了展望.     

5-甲基胞嘧啶锁核酸的合成新方法

设计了一种新的合成5-甲基胞嘧啶锁核酸{(1R,3R,4R,7S)-3-[(5-甲基-4-N-苯甲酰基胞嘧啶-1-基)-7-(2-氰基乙氧基)-(N,N-二异丙基)膦氧代]-1-(4,4’-二甲氧基三苯代甲基氧基甲基)-2,5-二氧杂二环-[2.2.1]庚烷(1)}的方法。以3-苄氧基-4-C-羟甲基-1,2-O-异亚丙基-α-D-呋喃核糖为起始原料,经取代、水解等12步反应合成了1,总收率21.0%,其结构经1H NMR和MS确证。     

胞嘧啶在沉积激光烧蚀Ag纳米颗粒电极上的SERS分析

用Nd:YAG激光器在二次去离子水中烧蚀银片,制备出了尺度分布均匀、并且具有很好的稳定性的"化学纯净"的Ag胶体系,并在电化学体系中将这种银胶沉积在粗糙的银电极表面,研究了胞嘧啶分子吸附在沉积Ag纳米颗粒电极表面随电极电位改变的表面增强拉曼光谱(SERS)。分析表明:(1)沉积银纳米颗粒的电极将金属电极与金属溶胶体系各自的优势很好的结合起来,形成了一种高效的SERS活性基底。(2)胞嘧啶在沉积银颗粒的电极表面以N3位竖直吸附,并且随着电位的负移,大多数SERS峰的位置发生了红移,表明胞嘧啶在电极表面吸附作用减弱。     

老鼠Tet1蛋白能氧化单链脱氧核糖核酸上的5-甲基胞嘧啶到5-羟甲基胞嘧啶和5-羧基胞嘧啶(英文)

5-甲基胞嘧啶在哺乳动物细胞中具有广泛的作用.而它被双脱氧家族Tet蛋白氧化所得的产物5-羟甲基胞嘧啶、5-醛基胞嘧啶和5-羧基胞嘧啶也被证明在细胞发育和5-甲基胞嘧啶动态平衡调控中具有关键的作用.已有的研究结果表明,Tet蛋白能够识别双链DNA上的5-甲基胞嘧啶,并将其氧化成5-羟甲基胞嘧啶、5-醛基胞嘧啶和5-羧基胞嘧啶.我们通过质谱仪检测发现,老鼠Tet1蛋白的DNA结合结构域还能识别和氧化单链DNA上的5-甲基胞嘧啶.这一发现暗示我们,Tet蛋白家族不但具有已经发现的氧化双链DNA上5-甲基胞嘧啶的功能,还有可能作用于DNA的复制及转录,甚至具有氧化单链RNA上对应的甲基修饰碱基的能力.     

胞嘧啶与一氧化碳复合物的结构与性质

在B3LYP/6-311+G**水平上对胞嘧啶…CO复合物体系进行了理论计算, 发现了6个能量极小的复合物. 其结合方式是CO的C或O原子与胞嘧啶的N—H键形成氢键, 最稳定的复合物的结合能为-8.72 kJ·mol-1. CO的C原子与胞嘧啶的结合具有更强的优势, C原子结合的复合物中CO的键长缩短, 而O结合的复合物中CO键长伸长. 同时, 对复合物的振动分析发现, 在C原子结合的复合物中CO的伸缩频率蓝移, 而O结合的复合物中CO伸缩频率是红移的.