光诱导单电子转移反应合成硫杂、氮杂冠醚

合成了以邻苯二甲酰亚胺为电子受体,末端三甲基硅烷基醚链为电子给体的新的分子内给受电子体系N-(末端三甲基硅烷基硫杂醚链)邻苯二甲酰亚胺(1)和N-(末端三甲基硅烷基氮杂醚链)邻苯二甲酰亚胺(2).化合物1和2在甲醇中进行光反应,在光诱导下发生分子内单电子转移反应,以很高的产率和很高的区域选择性生成硫杂冠醚(3)和氮杂冠醚(4).化合物1~4的化学结构经核磁共振、质谱的验证.     

嘧啶核苷磷酸化酶的α和α/β结构域刚性移动的动力学模拟

嘧啶核苷磷酸化酶在核苷合成的补救途径中能够催化可逆的磷酸化反应 ,此酶存在两个结构状态(非活性开放式结构和活性闭合结构 ) .在由非活性开放式结构转变到活性闭合结构时 ,连接两个结构域的蛋白链明显弯曲 ,α和 α/ β结构域相互靠近 ,活性口袋明显缩小 .本文利用动力学模拟的方法 ,由非活性开放式 X射线衍射测定的结构出发 ,在 CVFF力场下 ,把配体分子放在活性口袋内进行整体动力学模拟 ,最终得到了与活性闭合 X射线衍射测定的结构非常相近的结构 .由此在动力学上证明了结构域的刚性移动是由配体分子的诱导作用引起的 .1　计算方法…     

Y-S-R基序与卟啉辅基之间的氢键网络在sGC-HNOX结构域中的作用

利用分子动力学方法研究了sGC-HNOX结构域中Y-S-R基序与卟啉丙酸基团形成的氢键网络在sGC-HNOX结构域中的作用. RMSD分析结果表明, 该氢键网络的存在可以有效地稳定sGC-HNOX结构域的构象, 并且这种稳定作用不影响sGC-HNOX结构域的二级结构、体积以及溶剂可及表面积. 分子动力学轨迹的主成分分析及卟啉平面构象分析结果表明, Y-S-R基序与卟啉丙酸基团形成的氢键网络在sGC-HNOX结构域中的主要作用是使4-E基序稳定地结合于7-H基序, 从而使sGC-HNOX结构域成为一个空间联系紧密的整体.     

拟南芥AtGrp7RRM结构域的纯化及其结构与结合的初步分析(英文)

富含甘氨酸的RNA结合蛋白AtGrp7是拟南芥（Arabidopsis thaliana）调节生物钟负反馈回路的组分.在使用常规方法纯化AtGrp7 RRM结构域的初始试验中，观察到烟草蚀纹病毒（TEV）酶切后AtGrp7 RNA识别基序（RRM）结构域的紫外吸收峰为蛋白和杂质的混合信号峰.为解决常规纯化中的杂质问题，对AtGrp7_1-90应用了变性-复性两步纯化方法.AtGrp7 RRM结构域的¹H-¹⁵N HSQC指纹谱和CS-Rosetta模型结构表明快速稀释重折叠后其结构完全恢复.等温滴定量热法（ITC）和核磁共振（NMR）滴定实验进一步证实，重折叠后AtGrp7_1-90 RRM结构域具有正确结合RNA/DNA的功能.     

Protein-protein Interaction Between Domains of PDZ and BAR from PICK1

IntroductionProtein kinase Cα(PKCα) widely existed in thecells of human being and animals is one kind of serine/threonine kinase that can be rapidly activated by a vari-ety of factors such as Ca2 , cAMP and hormone, re-sulting in the signal transmissio…     

C59N单分子整流器

通过将单个C59N分子置于双势垒隧道结中,从而利用单电子隧穿效应和C59N分子的特殊能级结构,我们成功地实现了一种新型的单分子整流器件.实验中这个整流器件的正向导通电压约为0.5—0.7 V,反向击穿电压约为1.6—1.8 V.理论分析表明,中性C59N分子的半占据费米能级以及在不同充电情况下费米能级的不对称移动是形成整流效应的主要原因.其构成原理也决定了该器件具有稳定、易重复的特点.     

应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算

应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原Kringle1结构域(K1Pg)与配体ε-Aminocaproic acid(EACA),trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid(AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic acid(7-AHA)和Benzylamine进行了半柔性对接计算.用ABEEMσπ/MM模型优化得到的复合物K1Pg/EACA和K1Pg/AMCHA的结构很接近实验晶体结构.此外通过对5种配体与K1Pg结合能的计算,得出5种配体与K1Pg结合能的大小顺序为AMCHAEACA7-AHALysBenzy-lamine,与实验中测得5种配体与K1pg的平衡结合常数K值大小顺序相一致.     

Study on a Specific Site Tyr~(444) on a Hyperthermophilic Enzyme APE1547

Hyperthermophilic enzyme APE1547 is an extremely thermostable recombinant protein from thermophilic archaeon Aeropyrum pernix K1. The Tyr444 located in the catalytic domain adjacent to the catalytic amino acid Ser445 and formed hydrogen bond with Ile567. To study the effect of Tyr444 on the activity of APE1547,site-directed mutagenesis was applied. Two mutant enzymes T444S and T444G were created. Comparison of the mutant enzymes with wide enzyme,the thermostability of mutants T444S and T444G decreased by 10...     

LepA蛋白羧基末端结构域组成及物种分布的生物信息学分析

LepA蛋白是核糖体延伸因子,在蛋白质翻译过程中催化核糖体进行反转位.LepA的羧基末端结构域（LepA_CTD）的氨基酸序列非常保守,结构预测显示其与已知的任何结构模体都不存在相似性,但迄今为止其三维结构尚未被解析,因此无法进行结构与相关功能的研究.本文通过生物信息学的方法对LepA_CTD的相关数据进行系统整理,发现：（1）LepA_CTD结构域总是与LepA前四个结构域共存,并具有组成上的高度保守性;（2）LepA蛋白存在于几乎全部的细菌和真核生物中,并具有物种分布上的高度保守性;（3）LepA_CTD结构域靠近C末端的区域具有保守且带正电的结构模体,可能是其发挥生物学功能的关键位点.