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相似文献
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1.
采用比较分子场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列吡啶并嘧啶类衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了CoMFA和CoMSIA两种模型. 所构建的最佳模型的交叉验证相关系数分别为0.707和0.645,非交叉验证系数分别是0.964和0.972,模型的一些外部验证表明两个模型合理、可靠,并具有良好的预报能力. 同时,用分子对接的方法分析了该类化合物与Wee1激酶结构的作用模式,结果进一步表明,在R1和R5取代基上引入正电性基团,R2为体积小的电负性基团,同时选择体积中等和强的推电子的R3但亲水性的X取代基,能有效改善这类化合物的抑制活性.  相似文献   

2.
对一系列具有抗人乳腺癌细胞系MCF-7生物活性的微管蛋白抑制剂─芳基硫代吲哚衍生物(arylthioindole),进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)和对接(docking)研究. 在训练集中,建立了具有良好统计质量和预报能力的比较分子力场分析(CoMFA) 模型,其非交叉验证相关系数平方R2为0.898,交叉验证相关系数平方q2为0.654. 同时在测试集的验证中得到预测相关系数平方R2(pred)为0.816, 进一步表明了该模型具有较高的预测能力. 此外,通过对接研究,获得了这些化合物与微管蛋白作用的键合方式和构象,发现该系列化合物的CoMFA力场分布与对接结合位点上的三维拓朴结构相一致. 根据CoMFA和对接分析的结果,细致地讨论和总结了有利于提高或改进该类化合物活性的主要因素,即在取代基R3、R4和R5上引进高电负性的基团,在取代基R6上引进带有高电负性且大体积的基团,以及在取代基R7上引进小体积的基团等都是有利的. 基于这些研究结果,在理论上还设计了5个新的具有较高活性的化合物.  相似文献   

3.
采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q~2,非交叉验证相关系数r~2,外部验证的复相关系数Q_(ext)~2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考.  相似文献   

4.
噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性的CoMFA模型与分子设计   总被引:1,自引:0,他引:1  
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立25种噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含模板分子)作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Rcv2)、非交叉验证系数(R2)分别为0.369、0.831,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为40.9%、59.1%,表明影响抑藻活性(pI)的主要因素是取代基的库仑力、氢键及配位,其次是取代基的疏水性和空间位阻。基于此研究结果,设计了4个具有较高抗胃癌活性的新化合物,有待医学实验验证。  相似文献   

5.
在对一系列抗癌性7,8-二烃基-1,3-二氨基吡咯-[3,2-f]喹唑啉类二氢叶酸还原酶抑制剂的二维定量构效关系(2D-QSAR)研究基础上,应用比较分子场分析法对该类配合物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究. 建立了具有良好的统计学性能及预报能力的3D-QSAR模型,非交叉验证相关系数为0.993,交叉验证相关系数为0.619,估算的标准误差0.208, 统计方差比193.4. 该模型表明立体场因素的影响比静电场因素大很多,此结果与我们已经报道的2D-QSAR模型结果相一致. 然而,3D-QS  相似文献   

6.
采用比较分子场分析(CoMFA)方法对抗菌九肽、抗菌十四肽、抗菌十八肽进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,建立了预测力强的3D-QSAR模型.结果表明,所建立的3D-QSAR模型对三种抗菌肽均有较好的统计学稳定性及预测能力(抗菌九肽:交叉验证系数q~2=0.537,非交叉验证相关系数r~2=0.961,外部样本检验复相关系数Q_(ext)~2=0.883;抗菌十四肽:q~2=0.502,r~2=0.718,Q_(ext)~2=0.645;抗菌十八肽:q~2=0.550,r~2=0.967,Q_(ext)~2=0.989).三维等势图不仅解释了抗菌肽结构与活性的关系,而且为抗菌肽的进一步合成提供了理论依据.  相似文献   

7.
采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.运用这些信息进行分子对接,在理论上验证所构建的模型具有较高的可信性.此外,QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考.  相似文献   

8.
采用Topomer CoMFA方法对27个苯氨基磺酸衍生物进行了三维定量构效关系研究。得到了3D-QSAR模型,其交互验证系数q2为0.713,非交叉相关系数r2为0.995,主成分数N为6,标准估计误差SEE为0.183。结果表明该模型有较好的预测能力。采用Topomer Search技术在ZINC数据库中进行R基的筛选,并设计了5个新分子,最后用分子对接技术研究了新分子与苯氨基磺酸衍生物大分子蛋白的作用模式,从结果中可以看到,新分子与苯氨基磺酸衍生物蛋白的A/ARG220、A/ARG63和A/ASN115位点作用显著.  相似文献   

9.
本文采用Topomer CoMFA方法对37个吡唑啉嘧啶类IL-2诱导T细胞激酶抑制剂进行三维定量构效关系研究.得到3D-QSAR模型,其交互验证系数q~2为0.728,非交叉相关系数r~2为0.994,主成分数N为8,标准估计误差SEE为0.097.结果表明该模型有较好的预测能力.采用Topomer Search技术在ZINC数据库中进行R基的筛选,并设计6个新分子.最后用分子对接技术研究了4个新分子与IL-2诱导的T细胞激酶(Itk)大分子蛋白的作用模式,从结果中可以看到,4个新分子与Itk蛋白的A/LYS391、A/MET438位点作用显著.  相似文献   

10.
采用Topomer CoMFA方法对21个苯磺酰基亚胺噻唑衍生物进行三维定量构效关系研究,得到了HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂的3D-QSAR模型,其拟合复相关系数r2=0.964,交互验证复相关系数q2=0.801,外部验证复相关系数Qext2=0.959;采用基于片段的药物设计方法 Topomer Search从ZINC数据库中虚拟筛选出3个Ra基团和7个Rb基团,且设计得到21个新化合物.结果表明:该模型不仅稳定性良好,而且具有较强的预测能力;采用Topomer Search技术能够有效的筛选进而设计出新的化合物,为抗艾滋病新药的设计提供理论依据.  相似文献   

11.
利用主成分分析和分层聚类分析方法研究了具有抗肺炎克雷伯氏菌的氟诺喹酮类药物分子的结构活性关系.主成分分析方法表明变量ELUMO、ΔEHL、μ、Q3、Q5、QA、lgP、MP、MR能够有效地对抗肺炎克雷伯氏菌的氟诺喹酮类药物进行分类.分层聚类方法和主成分分析方法的结果一致.这表明两种方法都能够对新的具有抗肺炎克雷伯氏菌的氟诺喹酮类药物的分类提供一个可信的规律.利用主成分分析法和分层聚类分析法对其他4个氟诺喹酮类药物分子进行分析,结果都表明有三个药物分子具有较强的抗肺炎克雷伯氏菌活性,此结果和临床结果相吻合.  相似文献   

12.
岩盐结构氧化锌物态方程的分子动力学模拟   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用分子动力学方法和有效经验对势模型对ZnO岩盐结构高温高压下的物态方程进行了研究, 发现分子动力学方法得到的ZnO岩盐结构的摩尔体积(300?1273 K,3.2?10.4 GPa)和实验结果吻合;另外,基于经验势模型的可靠性预测了1373?2273 K和0? 50 GPa的ZnO岩盐结构的P-V -T关系,并利用相应的热力学公式拟合得到了ZnO岩盐结构常态下的线性热膨胀系数、等温体模量及其对压力的一阶导数等重要的热力学参量.  相似文献   

13.
A quantum-mechanical model is developed for the process by which an atom is excited or ionized as it is sputtered from a metal surface. The probability of excitation is given by R = (A/ΔE)2(hv/aΔE)n, where A is the binding energy of a surface atom before sputtering, v is its average velocity after sputtering, a is the thickness of the surface, and Δ E the excitation energy. For ionization, ΔE = I?φ, with I the ionization energy of the sputtered atom, and φ the work function of tke surface. Available experimental data for ionization are fitted best with a = (1.4 ± 0.3)A?, and n = 2.5 ± 0.3. The model is expected to be applicable to bombarding energies up to about 100 keV.  相似文献   

14.
B-RAF is a member of the RAF protein kinase family involved in the regulation of cell growth, differentiation, and proliferation. It forms a part of conserved apoptosis signals through the RAS?CRAF?CMAPK pathway. V600EB-RAF protein has much potential for scientific research as therapeutic target due to its involvement in human melanoma cancer. In this work, a molecular modeling study was carried out for the first time with 3D-QSAR studies by following the docking protocol on three different data sets of V600EB-RAF inhibitors. Based on the co-crystallized compound (PDB ID: 1UWJ), a receptor-guided alignment method was utilized to derive reliable CoMFA and CoMSIA models. The selected CoMFA model gives the best statistical values (q 2 =?0.753, r 2 =?0.962). With the same alignment protocol, a statistically reliable CoMSIA model out of fourteen different combinations was also derived (q 2 = 0.807, r 2 = 0.961). The actual predictive powers of both models were rigorously validated with an external test set, which gave satisfactory predictive r 2 values for CoMFA and CoMSIA models, 0.89 and 0.88, respectively. In addition, y-randomization test was also performed to validate our 3D-QSAR models. Contour maps from CoMFA and CoMSIA models supported statistical results, revealed important structural features responsible for biological activity within the active site and explained the correlation between biological activity and receptor?Cligand interactions. Based on the developed models few new structures were designed. The newly predicted structure (IIIa) showed higher inhibitory potency (pIC50 6.826) than that of the most active compound of the series.  相似文献   

15.
16.
Gupta P  Garg P  Roy N 《Molecular diversity》2011,15(3):733-750
The docking studies and comparative molecular field analysis (CoMFA) were performed on highly active molecules of curcumine derivatives against 3′ processing activity of HIV-1 integrase (IN) enzyme. The optimum CoMFA model was selected with statistically significant cross-validated r2 value of 0.815 and non-cross validated r 2 value of 0.99. The common pharmacophore of highly active molecules was used for screening of HIV-1 IN inhibitors. The high contribution of polar interactions in pharmacophore mapping is well supported by docking and CoMFA results. The results of docking, CoMFA, and pharmacophore mapping give structural insights as well as important binding features of curcumine derivatives as HIV-1 IN inhibitors which can provide guidance for the rational design of novel HIV-1 IN inhibitors.  相似文献   

17.
The magnetic hyperfine field acting on19F nuclei in a cubic cobalt lattice at a temperature of 450 °C has been investigated. Time dependent spin rotation has been observed following the excitation and recoil implantation with a pulsed α-particle beam using the reaction19F(α,α′)19F*. The hyperfine field isH hf (450 °C)=31.4 ± 0.5 kG. The measured amplitude of the spin rotation is only 18% of the amplitude expected for the case where all19F* nuclei are assumed to be subject to the same hyperfine field without any further perturbation. This was established by means of other implantation experiments with a copper backing using first the pulsed beam technique followed by a γ-ray angular distribution measurement in coincidence with backscattered α-particles. In copper a fast perturbation was found, which reduces the anisotropy to about 80% within a short time interval immediately after the excitation.  相似文献   

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