应用CoMFA研究抗菌肽的三维定量构效关系

采用比较分子场分析(CoMFA)方法对抗菌九肽、抗菌十四肽、抗菌十八肽进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,建立了预测力强的3D-QSAR模型.结果表明,所建立的3D-QSAR模型对三种抗菌肽均有较好的统计学稳定性及预测能力(抗菌九肽:交叉验证系数q~2=0.537,非交叉验证相关系数r~2=0.961,外部样本检验复相关系数Q_(ext)~2=0.883;抗菌十四肽:q~2=0.502,r~2=0.718,Q_(ext)~2=0.645;抗菌十八肽:q~2=0.550,r~2=0.967,Q_(ext)~2=0.989).三维等势图不仅解释了抗菌肽结构与活性的关系,而且为抗菌肽的进一步合成提供了理论依据.     

一种基于近红外光谱的天然产物抗氧化活性预测评价方法

提出了一种基于近红外(NIR)光谱的黄酮类提取物抗氧化活性计算预测新方法.采用1,1-二苯一2-苦肼基(DPPH)法测定28种黄酮类中药材提取物的抗氧化活性,并在4 000～10 000 cm-1范围扫描样品的红外光谱,采用偏最小二乘(PLS)算法建立了黄酮类组分近红外光谱与抗氧化活性之间的校正模型.建模过程中,以交叉验证相关系数(R2),交叉验证误差均方根(RMSECV)为指标,确定了用于建模的最优近红外波段和光谱预处理方法.校正模型的RSECV为9.50%,R2为0.901 7,预测误差均方根(RMSEP)为14.8%.该方法快速无损、操作简便,可用于中药及天然产物提取物抗氧化活性的快速评价.     

用分子对接方法预测HIV-1整合酶与金精三羧酸抑制剂的相互作用

用分子对接方法 (Docking)研究了HIV 1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的结合过程 .为弄清金属离子在结合中所起的作用 ,选择含有一个Mg+ 2 或不含Mg+ 2 的两种不同的整合酶受体分别与金精三羧酸对接 .结果表明 ,Mg+ 2 对稳定配体与受体的结合起了重要作用 .金精三羧酸配体与含有一个金属Mg+ 2 的整合酶受体对接 ,最优结合自由能为 - 4 5 .19kJ/mol.当Mg+ 2 失去后 ,整合酶的活性中心构象将发生变化 ,使金精三羧酸抑制剂与整合酶的结合自由能 (- 2 4 .35kJ/mol)明显增加 .预测了未知的HIV 1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的复合物结构 ,并可对基于结构的抗HIV 1整合酶的药物设计提供重要信息     

HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究

艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.     

4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物的3D-QSAR及分子对接研究

采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考.     

不同方法制备的CO2-3替换磷灰石固溶体晶体化学的FTIR研究

采用不同方法制备了CO2-3替换的磷灰石固溶体,利用FTIR结合XRD对其进行了晶体化学研究,结果表明均相沉淀法制备的碳羟磷灰石(CHAP)属B型替换且替换方式是[CO3·OH]四面体替换[PO4]四面体;固相离子交换法制备的CHAP属A型替换且替换方式是[CO3]三角形配位体替换通道位置的OH-;固相反应法制备的碳氟磷灰石(CFAP)属B型替换,其替换方式是[CO3·F]四面体替换[PO4]四面体;sol-gel法制备的CHAP属AB混合型替换,其Ψ3分裂为Ψ3-1,Ψ3F,Ψ3-4.高斯函数法拟合表明Ψ3F峰是A型替换的Ψ3-2与B型替换的Ψ3-3的叠合.当WCO2-3＜3.34%时,随CO2-3含量增加,A型替换量增大,且当WCO2-3=3.34%时达最大值,当3.34%＜WCO2-3＜7.52%时,随CO2-3含量增加,B型替换量增大,且当WCO2-3= 7.52%时亦到饱和.     

基于近红外光谱的生药醇提物抗氧化性预测

应用近红外光谱技术,以偏最小二乘算法,计算预测了37种生药药材甲醇提取物的抗氧化活性。以交叉验证相关系数(R2),交叉验证误差均方根(RMSECV)为指标,考察、比较了光谱预处理方法对模型效果的影响,以预测误差均方根(RMSEP)和相对分析误差(RPD)考核了样本的预测效果,采用1,1-二苯基-2-苦肼基(DPPH)法进行了验证。研究表明,采用一阶导数+矢量归一化预处理法和筛选的近红外波段建模,预测性能最优,校正模型的R2为0.896 0,RMSECV为4.35%;预测样本的RMSEP为3.62%,RPD为2.38。近红外光谱分析技术便捷快速,可信度较高,可以用于生药抗氧化性质的整体评价。     

基于Topomer CoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计

采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q~2,非交叉验证相关系数r~2,外部验证的复相关系数Q_(ext)~2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考.     

不同生产厂家注射用头孢哌酮钠含量测定的近红外定量模型的建立

采用近红外漫反射光谱法和偏最小二乘回归算法建立了2种测样方式对不同厂家注射用头孢哌酮钠中头孢哌酮的含量进行快速测定的定量分析模型.对9个厂家的19批注射用头孢哌酮钠样品及其降解物中头孢哌酮的含量进行了预测,积分球模型的交叉验证均方根误差(RMSECV)和预测均方根误差(RMSEP)分别为0.636和2.01,光纤模型的交叉验证均方根误差(RMSECV)和预测均方根误差(RMSEP)分别为0.857和3.71.根据ICH指导原则,从专属性、线性、重现性、稳定性、准确性等几个方面对两模型的方法进行了验证,进而说明光纤测样方式建立的模型专属性和适用性均良好,完全可以对不同生产厂家的同一品种的药品进行快速的初步定量分析,适用于药品检验车的快速无损检测.     

噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性的CoMFA模型与分子设计

基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立25种噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含模板分子)作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Rcv2)、非交叉验证系数(R2)分别为0.369、0.831,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为40.9%、59.1%,表明影响抑藻活性(pI)的主要因素是取代基的库仑力、氢键及配位,其次是取代基的疏水性和空间位阻。基于此研究结果,设计了4个具有较高抗胃癌活性的新化合物,有待医学实验验证。