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相似文献
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1.
用分子对接方法 (Docking)研究了HIV 1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的结合过程 .为弄清金属离子在结合中所起的作用 ,选择含有一个Mg+ 2 或不含Mg+ 2 的两种不同的整合酶受体分别与金精三羧酸对接 .结果表明 ,Mg+ 2 对稳定配体与受体的结合起了重要作用 .金精三羧酸配体与含有一个金属Mg+ 2 的整合酶受体对接 ,最优结合自由能为 - 4 5 .19kJ/mol.当Mg+ 2 失去后 ,整合酶的活性中心构象将发生变化 ,使金精三羧酸抑制剂与整合酶的结合自由能 (- 2 4 .35kJ/mol)明显增加 .预测了未知的HIV 1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的复合物结构 ,并可对基于结构的抗HIV 1整合酶的药物设计提供重要信息  相似文献   

2.
本文使用分子对接方法和MM/PBSA方法计算抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华相互作用主宰了BEG与HIV-1蛋白酶的结合,同时计算还证明分子对接采用的分子力场相比于Amber力场更适合于BEG-HIV蛋白酶系统。这篇论文还采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明残基Leu23、Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Asp25′、Gly27′、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Ile84′与BEG产生了较强的相互作用,同时也证明CH-π和CH-O相互作用驱动了抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合。我们期望这个研究能为艾滋病治疗药物的合理化设计提供理论上的指导和实验上的参考。  相似文献   

3.
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制. 研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合. 采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Arg87′与APV产生了大于1.0 kcal/mol的强相互作用,而且证明CH-π,CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式. 期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.  相似文献   

4.
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制. 研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合. 采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Arg87′与APV产生了大于1.0 kcal/mol的强相互作用,而且证明CH-π,CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式. 期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.  相似文献   

5.
旨在阐明葛根素与乙酰胆碱酯酶(AChE)的分子作用机制,并为基于葛根素的类似物的AChE抑制剂的研发提供参考.运用AutoDock 4.2进行葛根素与AChE的分子对接,采用YASARA进行分子动力学模拟,利用MMPBSA.py模块计算复合体系的结合自由能,分析氨基酸的能量贡献.结果显示,葛根素与AChE对接体系含有4个氢键,2个π-π键. 5 ns后,体系均方根偏差(RMSD)趋于平衡,体系结合自由能为-18.19 kcal/mol.促体系结合的主要作用力是范德华力、静电作用力,非溶剂化能是主要的结合阻力.能量贡献最大的残基依次为Asn533、Lys530、Ala534、Pro529.这些研究为新型抑制剂的研发提供理论参考.  相似文献   

6.
PnN基态分子势能函数与热力学函数的理论计算   总被引:2,自引:1,他引:1  
在Pu的相对论有效原子实势近似和N原子6—311G*全电子基函数下,用密度泛函B3LYP方法计算得到PuN分子基态X^6∑^+的结构与势能函数、力常数与光谱数据.同时计算得到PuN(g)分子在298K时的标准生成热力学函数ΔfH^0、ΔS^0和ΔfG^0,分别为—487.239kJ/mol、95.345J/mo1 K和—515、6661 kJ/mol.  相似文献   

7.
在4,4’-联吡啶的两端引入芳香羧酸合成得到一种两性离子型紫精衍生物配体-二氯化-1,1’-二(4-羧基-苯亚甲基)-4,4’-联吡啶(H2 BpybcCl2),作为一种多功能配体,紫精羧酸既具有紫精特殊的功能团,又含有羧基配位基团,因此逐渐成为构建金属-有机框架的一种理想配体。紫精羧酸与硫氰化铜形成的配位聚合物还未见报道。采用溶液扩散法将 H2 BpybcCl2配体与Cu2+离子和SCN -离子组装得到一个新颖紫精羧酸铜的配合物:[Cu(SCN)2(Bpybc)](Ⅰ),并通过X-射线单晶衍射、XRD、元素分析、红外光谱(FTIR)、热重(TGA)分析、液态荧光光谱、UV-Vis DRS光谱等手段对其结构及光谱学性质进行了研究。单晶结构分析显示化合物Ⅰ属单斜晶系,C2/c空间群,晶体数据为:a=19.508(4)?,b=9.474(2)?,c=16.963(3)?,α=90°,β=124.92(3)°,γ=90°。在化合物Ⅰ的结构中,两个SCN -离子与Cu2+离子配位组成结构单元[Cu (SCN)2],梯形的配体Bpybc桥连结构单元[Cu(SCN)2]沿着[203]方向形成一维“之”字链。这些链之间通过吡啶环和苯环的π—π作用堆积,拓展为三维超分子网络。固体紫外-可见漫反射光谱出现Bpybc配体π—π*跃迁吸收峰和Cu2+离子 d→ d跃迁吸收峰。液态荧光光谱测试显示化合物Ⅰ水溶液在360 nm光激发下,在533 nm处出现了强的蓝色荧光,该发射带是由紫精羧酸配体分子内电荷转移引起的。  相似文献   

8.
在4,4’-联吡啶的两端引入芳香羧酸合成得到一种两性离子型紫精衍生物配体-二氯化-1,1’-二(4-羧基-苯亚甲基)-4,4’-联吡啶(H2BpybcCl2),作为一种多功能配体,紫精羧酸既具有紫精特殊的功能团,又含有羧基配位基团,因此逐渐成为构建金属-有机框架的一种理想配体。紫精羧酸与硫氰化铜形成的配位聚合物还未见报道。采用溶液扩散法将H2BpybcCl2配体与Cu2+离子和SCN-离子组装得到一个新颖紫精羧酸铜的配合物:[Cu(SCN)2(Bpybc)](Ⅰ),并通过X-射线单晶衍射、XRD、元素分析、红外光谱(FTIR)、热重(TGA)分析、液态荧光光谱、UV-Vis DRS光谱等手段对其结构及光谱学性质进行了研究。单晶结构分析显示化合物Ⅰ属单斜晶系,C2/c空间群,晶体数据为:a=19.508(4),b=9.474(2),c=16.963(3),α=90°,β=124.92(3)°,γ=90°。在化合物Ⅰ的结构中,两个SCN-离子与Cu2+离子配位组成结构单元[Cu(SCN)2],梯形的配体Bpybc桥连结构单元[Cu(SCN)2]沿着[203]方向形成一维"之"字链。这些链之间通过吡啶环和苯环的π—π作用堆积,拓展为三维超分子网络。固体紫外-可见漫反射光谱出现Bpybc配体π—π*跃迁吸收峰和Cu2+离子d→d跃迁吸收峰。液态荧光光谱测试显示化合物Ⅰ水溶液在360nm光激发下,在533nm处出现了强的蓝色荧光,该发射带是由紫精羧酸配体分子内电荷转移引起的。  相似文献   

9.
在密度泛函理论B3LYP/6-31G**理论水平上,计算含乙酰胺基链苯并菲衍生物分子的电荷传输性质和热力学性质.研究结果显示,该分子的空穴传输性能明显好于电子传输性能.在298.15 K时,该分子的标准摩尔生成焓和生成自由能分别为-2338.79 kJ/mol和-1756.27 kJ/mol。  相似文献   

10.
60℃水浴条件下,过氧化氢(H_2O_2)还原氯金酸(HAuCl_4)生成金纳米粒子反应进行缓慢,加入纳米酶—石墨烯量子点(发蓝光)(GQDb)做催化剂后,H_2O_2还原HAuCl_4生成金纳米粒子反应加快,H_2O_2与HAuCl_4反应生成的金纳米粒子增多,体系中显示出较强的共振瑞利散射光谱(RRS)效应。加入焦性锑酸钾(Coke antimony potassium,CAP)配体后,GQDb被配体包裹,抑制GQDb的催化作用。当溶液中加入Na~+时,Na~+与CAP反应生成Na~+-CAP复合物,CAP从GQDb表面脱落,使GQDb恢复其催化作用。并且随着Na~+浓度增大,体系的RRS信号增强,当Na~+浓度在0.166~1.66μmol·L~(-1)范围内,其ΔI_(372nm)值与Na~+浓度呈良好的线性关系,线性方程为ΔI_(372nm)=1972.6c+219.69,线性相关系数为0.976 1,检测限为0.081μmol·L~(-1)。据此,建立了一种检测Na~+的GQDb催化RRS新方法。  相似文献   

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