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蛋白质是生物体中一种十分重要的高分子物质。蛋白质分子有着自身所特有的化学、物理结构;在溶液中蛋白质分子不仅自身不同部分间存在着相互作用,而且还与溶剂分子间发生着复杂的相互作用,这些都很大程度上影响到分子的结构和演变过程。为了对蛋白质分子进行模拟,很有必要建立适当的描述蛋白质分子结构的模型,引入合理的模型基元间的相互作用,并采用有效的方法进行模拟,本着贴近现实和方便模拟的原则,在本文中我们系统地总结了近年来蛋白质动力学及其物理特性,特别对其模型、势能及模拟方法进行了着重介绍。为了增加一些感性认识,文中还就实验分析、折叠的协作性、搜寻保守残基和动力学过程的熵效应和阻挫效应等几个专题进行了应用介绍。 相似文献
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蛋白质与界面相互作用是自然界中一种非常普遍但又十分复杂的现象,其在物理、生物技术、化学工程、药物、环境科学等诸多领域中发挥着极其重要的作用。生物膜界面蛋白质的错误折叠引起的功能障碍与许多疾病的发生和发展直接相关。原位、实时、精确地表征界面蛋白质分子构象变化与动力学行为是揭示界面蛋白质功能的核心,对阐明与蛋白质聚集相关的神经退化型疾病的发生和发展机理非常重要。但目前对其结构与动力学的了解相当匮乏,蛋白质折叠仍是分子生物学中心法则中至今尚未解决的一个重大生物学问题。这主要是因为其表征技术不仅要求具有足够高的结构分辨度和时间分辨度,还需满足时间、空间、活体、非介入性等要求,但同时满足这些要求的技术甚少。而和频振动光谱是一种可以在分子层次上探测界面蛋白质分子结构与动力学的表征方法。本文详细介绍了和频振动光谱技术在界面蛋白质结构与动力学表征方面的应用。通过原位实时探测不同蛋白质骨架振动的酰胺Ⅰ,酰胺Ⅲ与酰胺A谱带,可以实现界面蛋白质分子结构、构象变化与动力学特征的精确测量,进而揭示蛋白质–细胞膜相互作用、蛋白质–蛋白质相互作用、蛋白质聚集的分子机理。本综述将为人们研究复杂界面体系物理与化学问题提供新的思路。 相似文献
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建立金属纳米颗粒在外电场中的排列结构模型,用经典理论分析纳米结构金属表面上吸附的CO分子在外电场中的相互作用能,包括有效偶极子间的相互作用和与局域电场的相互作用,并讨论和计算了纳米颗粒表面附近的局域电场. 用Monte-Carlo方法进行数值计算和模拟,具体给出纳米颗粒表面CO分子的分布和相互作用能,表明金属表面纳米结构使CO产生凝聚,并使分子相互作用能增加,为解释异常红外吸收效应提供依据.
关键词:
纳米结构金属
吸附分子
相互作用
局域电场 相似文献
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郑志坚 《工程物理研究院科技年报》2008,(1)
1 理论物理
1.1 等离子体物理
深入开展了激光等离子体相互作用理论研究。为了模拟和研究激光与大尺度黑腔等离子体相互作用问题,分析了激光入射场、散射波场和离子声波的传播的耦合关系,考虑动力学效应,提出了描述自聚焦、受激散射非线性演化的耦合模型,完成流体程序的物理方案;研究了SRS时空演化机制,发现一些新物理现象;对超强激光与超高密度等离子体作用问题进行模拟,研究了高能电子、单能离子产生的新特征。 相似文献
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通过分子动力学模拟研究了胰岛素与不同尺寸石墨烯的相互作用,并比较了固定的石墨烯与不固定的石墨烯对蛋白质吸附行为及动力学的影响. 通过分析胰岛素蛋白在吸附过程中构象与取向的变化和吸附过程的动力学行为证实了石墨烯对胰岛素蛋白的有效吸附. 通过对蛋白质结构的分析发现蛋白质的三级结构在所有的体系中均有不同程度的破坏,而蛋白质二级结构的稳定性则与体系有关,其中非固定的石墨烯因其具有较大柔性而表现出对蛋白质二级结构的破坏具有一定选择性. 同时还发现石墨烯的尺寸对于胰岛素的吸附动力学过程也有较大影响. 相似文献
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