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相似文献
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1.
用分子对接方法(Docking)研究了HIV-1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的结合过程.为弄清金属离子在结合中所起的作用,选择含有一个Mg+2或不含Mg+2的两种不同的整合酶受体分别与金精三羧酸对接.结果表明,Mg+2对稳定配体与受体的结合起了重要作用.金精三羧酸配体与含有一个金属Mg+2的整合酶受体对接,最优结合自由能为-45.19kJ/mol.当Mg+2失去后,整合酶的活性中心构象将发生变化,使金精三羧酸抑制剂与整合酶的结合自由能(-24.35kJ/mol)明显增加.预测了未知的HIV-1整合酶与其抑制剂金精三羧酸的复合物结构,并可对基于结构的抗HIV-1整合酶的药物设计提供重要信息.  相似文献   

2.
旨在阐明葛根素与乙酰胆碱酯酶(AChE)的分子作用机制,并为基于葛根素的类似物的AChE抑制剂的研发提供参考.运用AutoDock 4.2进行葛根素与AChE的分子对接,采用YASARA进行分子动力学模拟,利用MMPBSA.py模块计算复合体系的结合自由能,分析氨基酸的能量贡献.结果显示,葛根素与AChE对接体系含有4个氢键,2个π-π键. 5 ns后,体系均方根偏差(RMSD)趋于平衡,体系结合自由能为-18.19 kcal/mol.促体系结合的主要作用力是范德华力、静电作用力,非溶剂化能是主要的结合阻力.能量贡献最大的残基依次为Asn533、Lys530、Ala534、Pro529.这些研究为新型抑制剂的研发提供理论参考.  相似文献   

3.
在4,4’-联吡啶的两端引入芳香羧酸合成得到一种两性离子型紫精衍生物配体-二氯化-1,1’-二(4-羧基-苯亚甲基)-4,4’-联吡啶(H2BpybcCl2),作为一种多功能配体,紫精羧酸既具有紫精特殊的功能团,又含有羧基配位基团,因此逐渐成为构建金属-有机框架的一种理想配体。紫精羧酸与硫氰化铜形成的配位聚合物还未见报道。采用溶液扩散法将H2BpybcCl2配体与Cu2+离子和SCN-离子组装得到一个新颖紫精羧酸铜的配合物:[Cu(SCN)2(Bpybc)](Ⅰ),并通过X-射线单晶衍射、XRD、元素分析、红外光谱(FTIR)、热重(TGA)分析、液态荧光光谱、UV-Vis DRS光谱等手段对其结构及光谱学性质进行了研究。单晶结构分析显示化合物Ⅰ属单斜晶系,C2/c空间群,晶体数据为:a=19.508(4),b=9.474(2),c=16.963(3),α=90°,β=124.92(3)°,γ=90°。在化合物Ⅰ的结构中,两个SCN-离子与Cu2+离子配位组成结构单元[Cu(SCN)2],梯形的配体Bpybc桥连结构单元[Cu(SCN)2]沿着[203]方向形成一维"之"字链。这些链之间通过吡啶环和苯环的π—π作用堆积,拓展为三维超分子网络。固体紫外-可见漫反射光谱出现Bpybc配体π—π*跃迁吸收峰和Cu2+离子d→d跃迁吸收峰。液态荧光光谱测试显示化合物Ⅰ水溶液在360nm光激发下,在533nm处出现了强的蓝色荧光,该发射带是由紫精羧酸配体分子内电荷转移引起的。  相似文献   

4.
采用密度泛函理论B3LYP方法研究3-氨基-5-巯基-1,2,4-三唑与Ag(I)的配位特点.计算结果显示,ad-L配体配位能力显著高于中性配体L,其中SN配位模式稳定化能高于中性配体约443.8kJ/mol,且N2模式稳定化能高于中性配体约336.8 kJ/mol;而p-L配体相互作用能和稳定化能均为负值.自然键轨道(NBO)分析显示配体与Ag(I)间存在较强轨道作用.静电势分析发现,L配体最负静电势出现在N1、N2原子周围,因此N1、N2位点更易与Ag(I)配位; ad-L配体静电势为负,因此与Ag(I)作用增强,而质子化的配体p-L静电势为正,因此不易与Ag(I)配位.  相似文献   

5.
60℃水浴条件下,过氧化氢(H_2O_2)还原氯金酸(HAuCl_4)生成金纳米粒子反应进行缓慢,加入纳米酶—石墨烯量子点(发蓝光)(GQDb)做催化剂后,H_2O_2还原HAuCl_4生成金纳米粒子反应加快,H_2O_2与HAuCl_4反应生成的金纳米粒子增多,体系中显示出较强的共振瑞利散射光谱(RRS)效应。加入焦性锑酸钾(Coke antimony potassium,CAP)配体后,GQDb被配体包裹,抑制GQDb的催化作用。当溶液中加入Na~+时,Na~+与CAP反应生成Na~+-CAP复合物,CAP从GQDb表面脱落,使GQDb恢复其催化作用。并且随着Na~+浓度增大,体系的RRS信号增强,当Na~+浓度在0.166~1.66μmol·L~(-1)范围内,其ΔI_(372nm)值与Na~+浓度呈良好的线性关系,线性方程为ΔI_(372nm)=1972.6c+219.69,线性相关系数为0.976 1,检测限为0.081μmol·L~(-1)。据此,建立了一种检测Na~+的GQDb催化RRS新方法。  相似文献   

6.
HIV蛋白酶是一类用于治疗艾滋病具有潜在价值的关键酶,很多此类酶的抑制剂已经上市.一系列由AHPBA分子的基本骨架进行改造并合成的25个α-羟基β-氨基酸类似物对于HIV蛋白酶具有很高的活性和选择性.我们筛选合适的描述子建立一个二维定量构效关系的模型,模型的均方根误差RMSE=0.09823、相关性系数R=0.97461、F值=30.763、交叉验证的相关系数RCV=0.7071、交叉验证的预测误差平方PRESS=0.588,该模型为HIV蛋白酶抑制剂修饰和设计提供了比较可靠的预测.并且根据“变形钥匙”理论,分别用“杂化肽键”Ψ[CH2NH]、Ψ[CF2NH]、Ψ[COCF2]、替换掉这组类似物中易水解的肽键-CO=NH-,使得这个共轭π键就变成一个较强的单键,变得不易被HIV蛋白酶所水解,从而得到抗AIDS的有效的抑制剂.然后通过原子电荷分布对比、分子对接等方法检验修饰的可能性和合理性.预先设想都在计算结果中得到验证,并且用QSAR模型预测了修饰后分子的活性.  相似文献   

7.
采用RRKM理论和疏松过渡态模型计算了N(4S) +CH2 X(X =F ,Cl)反应的微正则速率常数和通道分支比 .计算结果表明 ,在较低的内能下 (E =2 80 .2 9kJ/mol) ,N(4S) +CH2 F的主要产物为NCHF +H ,占总产物的5 9.2 % ,次要产物为H2 CN +F ,占 37.4 % .而N(4S) +CH2 Cl反应在E =2 6 7.78kJ/mol时 ,主要产物是H2 CN +Cl,占 90 .3% ,NCHCl+H只占 9.0 % .在内能较高的时候 (取E =5 0 0 .0 0kJ/mol) ,N(4S) +CH2 F的主要通道并未变化 ,而N(4S) +CH2 Cl的主要通道变为NCHCl+H ,比例为 5 1.5 % ,H2 CN +Cl的比例降到 4 0 .4 % .  相似文献   

8.
结合分子对接法和光谱法,研究了槲皮素与β-葡萄糖苷酶的相互作用及作用机理.首先利用AutoDock 4.2软件对β-葡萄糖苷酶与槲皮素、竞争性抑制剂对硝基苯-β-D-琉基葡萄糖的分子对接分别进行研究,然后采用荧光光谱法研究了槲皮素与β-葡萄糖苷酶的结合反应,并测定了结合常数.结果表明:这种相互作用使β-葡萄糖苷酶发生内源荧光猝灭,属于静态猝灭机制.通过计算得到槲皮素与β-葡萄糖苷酶在17,27和37℃下结合常数分别为4.36×104,4.04×104和3.18×104 L·mol-1.氢键和疏水作用对槲皮素与β-葡萄糖苷酶的结合起重要作用,也存在静电作用力.分子对接研究和荧光光谱实验两者相互补充,可从理论和实验两方面协同研究槲皮素与β-葡萄糖苷酶之间的相互作用.  相似文献   

9.
在pH7.0的Na2HPO4-NaH2PO4缓冲溶液中,纳米金与适配体(aptamer)结合形成较稳定的aptamer-Au复合物,且不被NaCl聚集。在85℃水浴中,K+与aptamer作用后折叠形成稳定的G-四分体结构复合物且释放出纳米金。在高浓度盐作用下,纳米金聚集成较大粒径的纳米金颗粒,导致体系563nm处的共振散射强度增大,其平均粒径为120nm。文章研究了K+ -随机单链DNA1(ssDNA1)-纳米金、K+ -ssD-NA2-纳米金和K+ -aptamer-纳米金体系的共振散射光谱特性,并用圆二色光谱技术证明了核酸适配体结构的变化。考察了pH、NaCl浓度、aptamer浓度、纳米金用量以及Cu2+、Mg2+、Pb2+、Ca2+、Al3+、Zn2+Fe3+等常见重金属离子等对测定K+的影响,结果显示这些离子不干扰测定,该法具有较好的选择性。在选定条件下,K+浓度在0.67~3350μmol·L-1范围与共振散射峰值ΔI呈良好的线性关系,回归方程、相关系数、检出限分别为ΔI=0.167c-0.7,0.9932,0.3μmol·L-1 K+。该法用于血清样品分析,结果与离子选择电极法一致。  相似文献   

10.
刘峥  王松梅  王莉 《光谱实验室》2010,27(4):1237-1243
合成了对甲基苯磺酰化丝氨酸配体(L)和对甲基苯磺酰化丝氨酸Nd(Ⅲ)配合物。通过元素分析、热分析、红外光谱、紫外光谱和摩尔电导等分析技术,确定配合物的组成为NdL3。用非等温热重分析方法研究了Nd(Ⅲ)配合物的热分解反应动力学,分解反应一步进行,其分解的动力学方程为dα/dt=Aexp(-Ea/RT)(1-α)2,并计算出了该步热分解的活化熵ΔS#、活化吉布斯自由能ΔG#和活化焓ΔH#分别为-86.7674J/mol.K、219.3884kJ/mol、170.9938kJ/mol。  相似文献   

11.
Gupta P  Garg P  Roy N 《Molecular diversity》2011,15(3):733-750
The docking studies and comparative molecular field analysis (CoMFA) were performed on highly active molecules of curcumine derivatives against 3′ processing activity of HIV-1 integrase (IN) enzyme. The optimum CoMFA model was selected with statistically significant cross-validated r2 value of 0.815 and non-cross validated r 2 value of 0.99. The common pharmacophore of highly active molecules was used for screening of HIV-1 IN inhibitors. The high contribution of polar interactions in pharmacophore mapping is well supported by docking and CoMFA results. The results of docking, CoMFA, and pharmacophore mapping give structural insights as well as important binding features of curcumine derivatives as HIV-1 IN inhibitors which can provide guidance for the rational design of novel HIV-1 IN inhibitors.  相似文献   

12.
The protonation states of catalytic Asp25/25′ residues remarkably affect the binding mechanism of the HIV-1 protease–inhibitor complex. Here we report a molecular dynamics simulation study, which includes electrostatic polarisation effect, to investigate the influence of Asp25/25′ protonation states upon the binding free energy of the HIV-1 protease and a C2-symmetric inhibitor. Good agreements are obtained on inhibitor structure, hydrogen bond network, and binding free energy between our theoretical calculations and the experimental data. The calculations show that the Asp25 residue is deprotonated, and the Asp25′ residue is protonated. Our results reveal that the Asp25/25′ residues can have different protonation states when binding to different inhibitors although the protease and the inhibitors have the same symmetry. This study offers some insights into understanding the protonation state of HIV-1 protease–inhibitor complex, which could be helpful in designing new inhibitor molecules.  相似文献   

13.
Liu N  Jia CM  Zhang Q  Yuan WB  Dai XQ  Wu JB 《光谱学与光谱分析》2010,30(12):3343-3346
合成了新型仲胺类配体L(N,N’-二(4-甲基苄基)乙二胺)及其四种过渡金属的硝酸盐配合物,[ML2(H2O)2]2+.2NO3-(M=CuⅡ,CoⅡ,NiⅡ,ZnⅡ),利用元素分析、红外、1H NMR等对其结构进行了表征,其中用X-ray单晶衍射解析了Cu-L单晶结构,为波谱分析推测的分子结构进行了验证。通过紫外、荧光光谱研究了该四种金属配合物与小牛胸腺DNA的相互作用,结果表明配合物与DNA的作用方式均为静电结合,Cu-L,Co-L,Ni-L,Zn-L与DNA的结合常数分别为:1.67×103,2.5×103,1.35×103和9.85×102。  相似文献   

14.
The novel beta-diketone 1-(4-bromophenyl)-3-phenylpropane-1, 3-dione (L) was synthesized at room temperature by classical Claisen condensation reaction. With the beta-diketone L as the first ligand and phen as the secondary ligand, and a new rare-earth Eu (III) ternary complex was prepared. The ligand L and ternary complex were characterized by elemental analysis, IR spectra, UV spectra and fluorescence spectra. IR spectra indicated that: the novel ligand L contained the structure of beta-diketone, where the content of enol was high; the Eu3+ ion in the ternary complex was coordinated with six oxygen atoms of three L ligands and two nitrogen atoms of the second ligand phen. UV spectra showed that the main absorption was from the first ligand L in the Eu (III) ternary complex. The excitation and emission spectra of the ternary complex were measured and investigated. Fluorescence spectra demonstrated that the ternary complex could emit characteristic fluorescence of rare earth Eu3+ ion and the strongest emission band was narrow which was attributed to the 5 D0 --> 7 F2 transitions of the 4f electrons of the central Eu3+ ions. So, the new Eu(III) ternary complex is an excellent red-emitter which would be regarded as a valuable material with bright red fluorescence because it presents good monochromaticity.  相似文献   

15.
新型三元配合物Tb(DPAB)_3IP的制备与发光性能   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
合成了邻菲罗啉的衍生物咪唑并[5,6-f]邻菲罗啉(IP),并以其为第二配体,二苯胺羰基邻苯甲酸(HDPAB)为第一配体,制备出新型稀土铽三元有机配合物Tb(DPAB)3IP。采用元素分析、红外光谱和紫外光谱对合成的配体及配合物进行了表征。通过荧光光谱研究了配合物的荧光性质,结果表明第二配体IP有较大的共轭体系,在紫外光激发下,配合物中的配体可将吸收的能量传递给稀土Tb3+离子,表现出较强的Tb3+离子的特征发射,且配体Tb(DPAB)3IP的荧光强度明显大于Tb(DPAB)3phen的荧光强度。这说明适宜的第二配体对配合物有很好的敏化发光作用,合成的Tb(DPAB)3IP是一种良好的绿光材料。  相似文献   

16.
HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.  相似文献   

17.
以2-(3’,4’-二羧基苯氧基)苯甲酸(H3DPBA)和1,3-二(4-吡啶基)-丙烷(bpp)为配体,与Zn(Ac)2通过水热反应,获得了一维链状配合物Zn(DPBA)(bpp)。该配合物的一个不对称单元包括一个Zn(Ⅱ)离子,一个DPBA配体和一个bpp配体。Zn(Ⅱ)离子与四个氧原子及一个氮原子配位,其配位数为5。固态配合物在375nm处出现强的发射峰,来自于配体的π~*—π跃迁。与配体的荧光发射光谱比较,配合物的荧光发射峰发生了蓝移,而且配合物的荧光发射强度有大幅度增强。讨论了配合物在常见溶剂中和金属阳离子中的荧光性质。实验结果表明不同有机小分子或不同金属阳离子对配合物的荧光强度有不同程度的影响,有机小分子硝基苯和Fe~(3+)使配合物荧光猝灭,该Zn(Ⅱ)-配合物可用于硝基苯的检测以及水和乙醇体系中Fe~(3+)的检测。  相似文献   

18.
合成了七种不同掺杂比例的稀土高氯酸盐(铕掺镧)与2-噻吩甲酸-邻菲咯啉的固态配合物,对配合物进行了元素分析、稀土络合滴定、摩尔电导测定,确定了配合物组成为(Eu1-xLax)·L3·phen·1/2H2O(x=0·000~0·200,L为2-噻吩甲酸,phen为邻菲咯啉),并测定了配体及配合物的IR谱及荧光激发和发射光谱。摩尔电导数据表明,此类配合物为非电解质。红外光谱测定表明,配体2-噻吩甲酸羧基氧与稀土离子配位,配体1,10-邻菲咯啉两个氮原子与稀土离子配位。荧光光谱测定表明,Eu3 处于无反演对称中心格位上,Eu3 配合物发射强度增大。配合物中La3 对Eu3 的发光产生敏化增强效应,当La3 掺入量为0·005mol时敏化强度最大,随着La3 浓度的增大,对Eu3 的发光敏化强度降低。  相似文献   

19.
The interaction of a new heterocyclic Schiff base bearing pyridine and pyrimidine cycles, with human serum albumin (HSA) using molecular docking and molecular dynamics simulation methods was examined. Molecular docking studies showed that the ligand was bonded to the IB domain of the protein. It was found that there was one hydrogen bond interaction between HSA and the ligand. The standard Gibbs free energy for binding of the ligand to HSA was calculated as ?9.63 kcal.mol?1. The results of the molecular dynamics simulation showed that the root mean square deviation (RMSD) of the non-liganded HSA and the HSA–ligand complex reached equilibration after 1000 ps. The study of the radius of gyration revealed that there was a conformational change when the HSA–ligand complex was formed. Finally, analyzing the RMS fluctuations (RMSF) suggested that the structure of the ligand binding site remained approximately rigid during the simulation.  相似文献   

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