基于 ITS 序列探讨睡莲属植物的系统发育

对睡莲属Nymphaea L．11个种和外类群中国莲Nelumbo nucifera Gaertn．nrDNA的ITS区(包括ITS-1，5．8SrDNA和ITS-2)进行了序列测定．睡莲属植物的ITS序列总长度为678～711bp，ITS-1和ITS-2序列长度范围为246～275bp和266～275bp．当空位(gap)作缺失处理时，睡莲属植物ITS区全序列排序后的长度为735位点，其中有265个(101个位点在ITS-1区，164个位点在ITS-2区)为系统发育的信息位点．以Nelumbo nucifera Gaertn．为外类群，利用PAUP4．0b4a软件。采用最大简约法分析获得了2个最简约树，其步长为658，一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0．8450和0．8555．利用2个最简约树获取严格一致树，结果表明：热带睡莲植物和耐寒睡莲植物分别聚成一支构成姊妹群，这与基于起源和对生态条件的不同要求、或根据心皮的排列方式而对睡莲属植物进行的传统分类一致．在热带睡莲植物内形成两个亚支，其内部支持率均为100％；耐寒睡莲植物内也形成了两个亚支，内部支持率分别为98％和85％．     

5种蚌螨ITS2基因片段序列及其系统发育分析

对5种蚌螨ITS2基因片段进行了序列测定,经比对后发现序列长度为258 bp(含gap);其中保守位点186个,可变位点57个,总变异率达到22.1%,种间变异率在7.4%~14.9%之间;转换位点11个,颠换位点18个,转换颠换比值为0.61。A,G,C,T4种碱基的平均含量分别为29.5%、17.2%、18.1%、35.2%,平均     

象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种群COI和ITS1基因序列特征及遗传多样性分析

为了解象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种质资源的遗传多样性现状, 采用COI和ITS1分子标记对该种群进行了基因序列特征和遗传多样性分析. 结果表明 在该种群30个个体中扩增得到的COI基因序列长度均为709bp, ITS1序列长度范围在693~729bp(共有746个位点). COI基因序列的位点中有670个保守位点(占94.50%)、39个变异位点(占5.50%); ITS1序列的位点中有保守位点671个(占89.95%)、变异位点62个(占8.31%)和缺失/插入位点13个(占1.74%). COI基因序列的保守性高于ITS1序列. 在COI基因序列中碱基(A+T)的占比(65.84%)高于(C+G), 而ITS1序列中则是碱基(A+T)占比(37.59%)低于(C+G). COI和ITS1序列的遗传距离分析均显示群体内遗传分化不明显. 基于COI基因序列和ITS1序列构建的遗传进化树显示 各科贝类分别相聚, 象山港菲律宾蛤仔位于帘蛤科的分支中, 其COI序列与杂色蛤进化关系最近. 遗传进化树中各种贝类的聚类关系与传统分类学结果相一致, 可作为分类的参考. COI和ITS1序列的平均核苷酸差异数分别为5.497和6.549, 核苷酸多样性指数分别为0.00775和0.00973, 单倍型数目分别为21和28, 单倍型多样性分别为0.963和0.993, 根据COI和ITS1两个序列计算得到的菲律宾蛤仔象山港群体单倍型多样性均大于0.5, 核苷酸多样性指数均大于0.005, 表明该种群遗传多样性丰富, 并处于稳定状态. 本研究结果补充了菲律宾蛤仔遗传多样性方面的研究资料, 并可为象山港菲律宾蛤仔种质资源保护和遗传育种提供理论基础.     

利用rDNA ITS序列对新疆桃和普通桃亲缘关系的分析

对采自新疆地区的4个桃样品的ITS序列进行了PCR扩增、克隆测序和分析,并从基因库中找出6个其他桃样品的ITS序列,应用DNAMAN软件构建了10个桃样品的系统发育树。结果表明：在系统发育树中,10个桃样品被分成三个分支,扁桃和野扁桃各自形成独立分支,其它桃样品形成一个分支,其中,新疆桃弧纹核和直纹核与陕甘山桃亲缘关系为100%,普通桃平行直纹核和孔纹核亲缘关系也为100%,新疆桃与普通桃的亲缘关系达99%,毛桃、山桃和甘肃桃之间的亲缘关系较近。通过本实验对桃属10种桃样品ITS序列分析初步显示,新疆桃与普通桃亲缘关系较近,而其与陕甘山桃的亲缘关系更近。     

浙江沿海大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因序列差异及其系统发育

为探讨浙江沿海大弹涂鱼和弹涂鱼线粒体细胞色素氧化酶I号(COI)基因序列差异及其系统发育, 对两者进行了COI扩增、测序和分析. 结果显示: 扩增得到大弹涂鱼、弹涂鱼COI基因序列长度分别为1554bp和1556bp; 大弹涂鱼和弹涂鱼COI基因序列中, 所占比例(分别为55.8%和56.0%)均高于 所占比例(分别为44.2%和44.0%); 大弹涂鱼和弹涂鱼的种内平均遗传距离分别为0.002和0.003, 两者的种间遗传距离为0.183. 构建的系统发育树显示, 大弹涂鱼与红狼牙虾虎鱼、孔虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼聚为一簇(大弹涂鱼COI序列与三者的同源性分别为91.0%、92.0%和88.0%), 弹涂鱼与青弹涂鱼聚为一簇(两者COI序列同源性为99.0%)后与大弹涂鱼所在的簇相聚. 研究结果可为探讨大弹涂鱼、弹涂鱼的系统发育及建立基于COI序列的弹涂鱼类鉴定方法提供参考资料.     

云南南部5种魔芋属植物居群遗传结构的ISSR分析

采用9个ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记对云南南部魔芋属植物5个物种(花魔芋,疣柄魔芋,攸乐魔芋,勐海魔芋和屏边魔芋)105份材料进行了居群遗传多样性分析.通过PCR扩增,9个ISSR引物从5个物种105份样品中共获得95条条带,其中多态性条带占条带总数的100%.每个位点平均等位基因数2.00,有效等位基因数1.40,平均Nei’s基因多样性指数0.255 2,Shannon’s信息多样性指数为0.401 2.在这5个魔芋属植物物种中,花魔芋居群内遗传多样性水平相对较低.居群水平上的UPGMA聚类表明这5个物种可被分为明显的两大组,花魔芋为一组,其余4种构成一组,其中屏边魔芋与疣柄魔芋遗传距离最近.个体水平上的聚类则显示,花魔芋和疣柄魔芋的个体各自聚在一起,其余3种的个体较为分散.本研究结果还认为人工栽培利用的方式对魔芋属植物遗传多样性可能存在一定影响.     

稻属核糖体DNA的限制性片段长度多态性

对稻属13个种和Porteresiacoaretata、Leersiaperrieri及Leersiatisseranti共42份材料进行了核糖体RNA基因（rDNA）的间隔序列长度多态性（RFLP）的分析．共发现20种的间隔序列长度变异类型,其中有些类型具有种的特异性．中国药用野生稻的rDNA变异程度很小,疣粒野生稻的rDNA有变异．Leersiaperrieri和Leersiatisseranti的BamHI酶切转录区片段长度为3．90kb,与稻属的3．80kb．不同．     

褶纹冠蚌硫氧还蛋白基因克隆及空间结构分析

运用RACE-PCR方法从褶纹冠蚌血细胞中克隆出硫氧还蛋白(Trx)的cDNA。结果表明褶纹冠蚌TrxcDNA序列全长为1 169bp,其中5′非编码区(UTR)长11bp,3′非编码区长840bp,含有PolyA尾和典型的腺苷酸信号序列AATAAA,开放阅读框长度为318bp,编码105个氨基酸。预测蛋白质分子量为11.6kDa,等电点为5.38,未发现有信号肽。氨基酸序列中含有1个Thioredoxin结构域(T3-K104),区域内包含一个保守的CGPC活化位点。序列同源性比较结果显示褶纹冠蚌Trx与太平洋牡蛎和紫贻贝的氨基酸序列一致性分别为56%、52%。预测的Trx空间结构由5个β折叠和4个α-螺旋组成,α-螺旋包围β折叠形成紧密的球形,这一结构与人的Trx空间结构相似。     

江西兰科植物新资料

通过野外考察、标本鉴定和文献查阅,报道了江西省兰科植物1个新记录属——肉果兰属(Cyrtosia)及10个新记录种——血红肉果兰C.septentrionalis、广东盆距兰Gastrochilus guangtungensis、大根兰Cymbidium macrorhizon、宋氏绶草Spiranthes sunii、泽泻虾脊兰Calanthe alismaefolia、长距虾脊兰C.sylvatica、银带虾脊兰C.argenteostriata、广东石斛Dendrobium wilsonii、毛叶芋兰Nervilia plicata和广布芋兰N.aragoana。此外,报道了3种江西省兰科植物地区新记录种——江西齐云山地区兰科植物新记录种香港绶草S.hongkongensis、江西井冈山地区新记录种浙江金线兰Anoectochilus zhejiangensis,以及江西九连山地区新记录种,多叶斑叶兰Goodyera foliosa。 关键词：江西省; 兰科植物; 新记录;     

23种鸢尾属植物种质资源的AFLP分析

采用AFLP(扩增性片段长度多态性)分子标记技术对23种37份栽培鸢尾属植物种质资源进行遗传多样性分析,将筛选出的4对AFLP分子标记引物对材料进行扩增,共得到205个位点,其中177个为多态位点,多态位点百分率为86.3%;37份材料之间的遗传相似系数在0.23～0.97之间,平均为0.81.通过遗传相似系数计算,样品总体上亲缘关系非常接近,而白花紫苞鸢尾与其他物种有明显差异.本文还利用UPGMA(非加权算术平均法)进行样品聚类,分析了包括23个种的37份样品之间的遗传关系.